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luyang_982新蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
溶劑化自由能 已有2人參與
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想算一個(gè)物質(zhì)在水中的溶劑化自由能（使用SMD模型），已經(jīng)在氣態(tài)中優(yōu)化好該物質(zhì)（優(yōu)化的同時(shí)算頻率）。接下來(lái)要算加上溶劑后的單點(diǎn)能。 一、 直接拿氣態(tài)下優(yōu)化好的分子加上scrf=（smd，solvent=water）算單點(diǎn)能 還是需要在溶劑下重新優(yōu)化好后，再加scrf=（smd，solvent=water）算單點(diǎn)能？ 二、高斯09 ，SMD模型下算好單點(diǎn)能后是不是取下面這個(gè)值 Total free energy in solution with all non electrostaticterms 減去氣相中優(yōu)化和頻率計(jì)算結(jié)果文件中的 sum of electronic and thermal free energies 這個(gè)值 就是溶解自由能呢？ |
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cg陳
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Self-consistent PCM results =========================== <psi(0)| H |psi(0)> (a.u.) = -75.745970 <psi(0)|H+V(0)/2|psi(0)> (a.u.) = -75.755182 <psi(0)|H+V(f)/2|psi(0)> (a.u.) = -75.756689 <psi(f)| H |psi(f)> (a.u.) = -75.744201 <psi(f)|H+V(f)/2|psi(f)> (a.u.) = -75.756711 Total free energy in solution: - with all non electrostatic terms (a.u.) = -75.755544 -------------------------------------------------------------------- (Unpolarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -5.78 (Polarized solute)-Solvent (kcal/mol) = -7.85 Solute polarization (kcal/mol) = 1.11 Total electrostatic (kcal/mol) = -6.74 -------------------------------------------------------------------- SMD-CDS (non-electrostatic) energy (kcal/mol) = 0.73 Total non electrostatic (kcal/mol) = 0.73 DeltaG (solv) (kcal/mol) = -6.01 -------------------------------------------------------------------- 這是加溶劑后單點(diǎn)能的輸出結(jié)果，取哪個(gè)值和氣相的能量相減？ 請(qǐng)高手指點(diǎn)，謝謝！ |
5樓2014-03-05 15:53:54
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luyang_982: 金幣+30, ★★★★★最佳答案 2014-03-06 15:33:31
luyang_982: 金幣+30, ★★★★★最佳答案 2014-03-06 15:33:31
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沒(méi)錯(cuò) 就是這個(gè)值 連續(xù)介質(zhì)模型中，如SMD模型，其溶劑化能定義就是： detaG = (Esoln + Gnes) - Ggas 括號(hào)中就是對(duì)應(yīng)的Total free energy in solution with all non electrostatic terms Ggas就是氣相下的溶質(zhì)的單點(diǎn)能 |
8樓2014-03-06 08:42:09
luyang_982
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9樓2014-03-06 15:32:50
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