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[求助]
求助，16S rDNA測(cè)定了i兩株菌的序列，大神們可以幫我分析下么？謝謝~！ 已有5人參與
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用到論文里，就是想交代清楚篩選出的到底是什么菌，生理生化沒(méi)做，ＡＰＩ太貴，老板不管買。。。實(shí)驗(yàn)室也沒(méi)有條件做。 光靠序列能鑒別到什么程度呢？能不能構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)啊。。 第一個(gè) CAACATTTTCCCCCCCCCTTTCCCGTAGCGTTGCTGCGCCACCGGACAGTATACTGCCCGACGGCTAACATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCACCTCAGCGTCAGTAATGGACCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCGAATATCTACGAATTTCACCTCTACACTCGGAATTCCACTTACCTCTTCCATACTCAAGATACCCAGTATCAAAGGCAGTTCCGCAGTTGAGCTGCGGGATTTCACCCCTGACTTAAATATCCGCCTACGTGCGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAACAACGCTAGCCCCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGGGCTTCTTCTCCGACTACCGTCATTATCTTCATCGGTGAAAGAGCTTTACAACCCTAAGGCCTTCATCACTCACGCGGCATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAATGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTATGGATCGTCGCCTTGGTAGGCCTTTACCCCACCAACTAGCTATTCCAACGCGGGCCAATCCTTCCCCGATAAAATCTTTCCCCCGTAGGGCGTATGCGGTATTAATTCCAGTTTCCCGGAGCTATTCCGCAGGAAAAGGGTATGTTCCCACGCGTTACTCAACCCGTTCTGCCACTCCCCTTTGCGGGGCGTTCTGACTTGCATGTGTTAAAGCCTGGCCGCT 第二個(gè) GCGCATTGCGCTGCTTCGATACTGCGTGCCAATTGCACCCAACATCCAGTTCGCATCGTTTAGGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAGTGTCAGTGTTGGTCCAGGTAGCTGCCTTCGCCATGGATGTTCCTCCTGATCTCTACGCATTTCACTGCTACACCAGGAATTCCGCTACCCTCTACCACACTCTAGTCGCCCAGTATCCACTGCAGTTCCCAGGTTGAGCCCAGGGCTTTCACAACGGACTTAAACGACCACCTACGCACGCTTTACGCCCAGTAATTCCGAGTAACGCTTGCACCCTTCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGAAGTTAGCCGGTGCTTATTCTTTGGGTACCGTCATCCCAACCGGGTATTAGCCAGCTGGATTTCTTTCCCAACAAAAGGGCTTTACAACCCGAAGGCCTTCTTCACCCACGCGGTATGGCTGGATCAGGCTTGCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTACGGATCGTCGCCTTGGTGGGCCTTTACCCCGCCAACTAGCTAATCCGACATCGGCTCATTCAATCGCGCAAGGTCCGAAGATCCCCTGCTTTCACCCGTAGGTCGTATGCGGTATTAGCGTAAGTTTCCCTACGTTATCCCCCACGACAGAGTAGATTCCGATGTATTCCTCACCCGTCCGCCACTCGCCACCCAGGGAGCAAGCTCCTCTGTGCTGCCGTTCGACTTGCATGTGTTAGGCCTACCGCCAGCGTTTCACTCTGAGCCAGGATTCAAAACTTCTGACG |
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- 尋求把細(xì)菌的16s rDNA序列提交到Genbank，申請(qǐng)accession number 的專家-謝謝！
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11樓2014-03-15 19:48:20
huangjizheng
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2樓2014-03-13 08:48:57
3樓2014-03-13 08:57:36
dllchina
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4樓2014-03-13 10:41:39
5樓2014-03-13 13:05:53
dllchina
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6樓2014-03-13 14:09:30
ctt1984
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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第一個(gè)： Agrobacterium tumefaciens strain http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_161172602 第二個(gè)：Stenotrophomonas maltophilia http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi#alnHdr_253994666 至于進(jìn)化樹(shù)，可以做的。但是需要你根據(jù)測(cè)序結(jié)果，篩選一些你感興趣的微生物序列一起去做 |
7樓2014-03-13 15:30:07
8樓2014-03-14 10:05:17
ctt1984
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9樓2014-03-14 11:15:45
liuhaolin3
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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10樓2014-03-14 20:13:50
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