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老貓曬太陽(yáng)金蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
高斯溶劑化能求助 已有1人參與
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本人新手，因?yàn)榛衔顲12H12N2O3，有順?lè)串悩?gòu)，導(dǎo)師突然要求用高斯計(jì)算，但是關(guān)于量子化學(xué)的知識(shí)一點(diǎn)兒也沒(méi)有，最近發(fā)文在即，比較急切。 先簡(jiǎn)單說(shuō)一下我現(xiàn)在用的方法 我用的是gaussain03W的軟件，之前用的是結(jié)構(gòu)優(yōu)化，分兩步，第一步是hf/3-21g opt，然后第二步是# B3LYP/6-31G* opt geom=checkpoint guess=checkpoint freq pop=(reg ,nbo)，這是早前畢業(yè)的師兄摸索的。 由于做了單晶，發(fā)現(xiàn)反式為主，所以理應(yīng)是反式穩(wěn)定，結(jié)果計(jì)算結(jié)果都是順式穩(wěn)定，所以我猜想可能是因?yàn)闆](méi)有考慮溶劑的原因。 問(wèn)題如下： 1、我應(yīng)該用什么命令語(yǔ)句，且這個(gè)命令在第幾步的使用。(希望能全部寫(xiě)給我，我真是一點(diǎn)兒不會(huì)，嘗試了幾個(gè)，結(jié)果運(yùn)行之后秒停，崩潰了) 2、計(jì)算溶劑能的時(shí)候，選用哪個(gè)溶劑？我這個(gè)化合物正好有個(gè)單晶，是在丙酮和石油醚的情況下培養(yǎng)得到的，單晶顯示有異構(gòu)體，反式為主。同時(shí)核磁是氫譜用氯仿打的，核磁碳譜是DMSO打的，那我在選擇溶劑的時(shí)候，solvent=? 3、如果最后計(jì)算完畢，我應(yīng)該看哪個(gè)數(shù)值來(lái)判斷哪個(gè)異構(gòu)體更穩(wěn)定呢？ 求各位幫幫忙，如果需要附我的相關(guān)結(jié)果，我可以附上。下面先貼兩個(gè)哈。 5-h-a是反式，5-h-c是順式，-1是第一次輸出的結(jié)果，-2是第二次輸出的結(jié)果。我現(xiàn)在比較的HF值 |
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2014-03-20 10:35:37, 798.24 K
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槍下游魂
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4樓2014-03-20 12:25:53
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
老貓曬太陽(yáng): 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝 2014-03-20 12:09:40
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老貓曬太陽(yáng): 金幣+10, ★★★很有幫助, 謝謝 2014-03-20 12:09:40
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1、溶劑化關(guān)鍵詞是scrf，你的第一步的作用是得到初始猜么？考慮到你第二步也并沒(méi)有用很昂貴的算法和基組，我覺(jué)得你初始結(jié)構(gòu)不是太差的情況下可以直接用第二步來(lái)算，那scrf就加在第二步里。 scrf=（solvent=,.........）具體的你去查高斯手冊(cè)scrf關(guān)鍵詞，里面有很詳細(xì)的例子。 另外如果有對(duì)稱性的話可以加nosymm來(lái)取消對(duì)稱性，這樣一來(lái)算出來(lái)的結(jié)構(gòu)基本就是能量最小的那個(gè)了。 2、我覺(jué)得溶劑應(yīng)該是用產(chǎn)生反式結(jié)構(gòu)穩(wěn)定的那個(gè)溶劑，當(dāng)然這個(gè)只是我覺(jué)得。。。 3、溶劑化能量的分析論壇里很多老貼，隨便搜一搜“scrf能量求助”之類的就有了 |
2樓2014-03-20 11:50:09
老貓曬太陽(yáng)
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1、我嘗試過(guò) #opt freq b3lyp/6-31+g** scrf(read,pcm,sovlent=actone) geom=connectivity 和 #opt freq hf/6-31+g** scrf(read,pcm,solvent=acetone) geom=connectivity 這兩個(gè)都是看著別人這么寫(xiě)，就嘗試運(yùn)行一下的，但是試了之后都馬上出錯(cuò)了，2070錯(cuò)誤。 2、可是我的三種溶劑里都是順?lè)赐瑫r(shí)出現(xiàn)，碳譜沒(méi)有定量，看不出比例，氫譜的話比例大概是2:3，當(dāng)然看不出哪個(gè) |
3樓2014-03-20 12:14:12
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