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季銨鹽分子的建模問(wèn)題 已有1人參與
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分子動(dòng)力學(xué)模擬小白,想畫(huà)一個(gè)有機(jī)季銨鹽的分子結(jié)構(gòu)(陰離子是氯離子),主要的部分都搞定了。 關(guān)鍵的氮原子和氯原子不知道怎么辦,也用一根bond連接起來(lái)嗎? 電荷怎么辦?怎么表示離子鍵呢? 急求。! |
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感謝應(yīng)助。 我做的是生物大分子與小分子的相互作用。小分子的建模時(shí),我想把季銨鹽的結(jié)構(gòu)畫(huà)出來(lái)。看到版上討論的修改氮原子類(lèi)型和電荷的方法,我照著做了一下,修改了total charge和formal charge,但是minimizer和dynamics之后電荷有發(fā)生了變化。 我也分別試了有氯離子和沒(méi)有氯離子的情況,有氯離子時(shí)total charge設(shè)的是0,但是minimizer和dynamics之后電荷同樣發(fā)生了變化。 我是試著做的,現(xiàn)在是不知道哪里對(duì),也不知道哪里不對(duì)。請(qǐng)大神指導(dǎo)啊! |
主管區(qū)長(zhǎng) (職業(yè)作家)
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分子動(dòng)力學(xué)模擬中,離子只需畫(huà)出結(jié)構(gòu),一般在計(jì)算的時(shí)候,所選用的力場(chǎng)比如COMPASS會(huì)自動(dòng)給你的結(jié)構(gòu)中各個(gè)原子分配電荷,而無(wú)需你去手動(dòng)給原子設(shè)置電荷,而且力場(chǎng)自動(dòng)分配的電荷往往更合理。 如果你要自己分配電荷的話,在Discover的設(shè)置中,把a(bǔ)utomation中自動(dòng)計(jì)算電荷項(xiàng)選擇no 。 |

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