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季銨鹽分子的建模問題 已有1人參與
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分子動(dòng)力學(xué)模擬小白，想畫一個(gè)有機(jī)季銨鹽的分子結(jié)構(gòu)（陰離子是氯離子），主要的部分都搞定了。 關(guān)鍵的氮原子和氯原子不知道怎么辦，也用一根bond連接起來(lái)嗎？ 電荷怎么辦？怎么表示離子鍵呢？ 急求�。�！ |
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2樓2014-03-31 21:39:52
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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-04-01 08:34:09
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-04-01 08:34:09
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感謝應(yīng)助。 我做的是生物大分子與小分子的相互作用。小分子的建模時(shí)，我想把季銨鹽的結(jié)構(gòu)畫出來(lái)。看到版上討論的修改氮原子類型和電荷的方法，我照著做了一下，修改了total charge和formal charge，但是minimizer和dynamics之后電荷有發(fā)生了變化。 我也分別試了有氯離子和沒有氯離子的情況，有氯離子時(shí)total charge設(shè)的是0，但是minimizer和dynamics之后電荷同樣發(fā)生了變化。 我是試著做的，現(xiàn)在是不知道哪里對(duì)，也不知道哪里不對(duì)。請(qǐng)大神指導(dǎo)��！ |
3樓2014-03-31 22:36:10
月只藍(lán)
主管區(qū)長(zhǎng) (職業(yè)作家)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
yanwanghu: 金幣+10 2014-04-01 19:15:26
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yanwanghu: 金幣+10 2014-04-01 19:15:26
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分子動(dòng)力學(xué)模擬中，離子只需畫出結(jié)構(gòu)，一般在計(jì)算的時(shí)候，所選用的力場(chǎng)比如COMPASS會(huì)自動(dòng)給你的結(jié)構(gòu)中各個(gè)原子分配電荷，而無(wú)需你去手動(dòng)給原子設(shè)置電荷，而且力場(chǎng)自動(dòng)分配的電荷往往更合理。 如果你要自己分配電荷的話，在Discover的設(shè)置中，把a(bǔ)utomation中自動(dòng)計(jì)算電荷項(xiàng)選擇no 。 |
4樓2014-04-01 08:40:00
5樓2014-04-01 08:59:29
月只藍(lán)
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6樓2014-04-01 10:21:39
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