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柯艷萍銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
autodock對(duì)接的氫鍵 已有2人參與
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| 在用autodock做對(duì)接時(shí)，對(duì)接結(jié)果中配體NAD+和受體丙氨酸脫氫酶之間的氫鍵很少（就2、3個(gè)），感覺不合理，應(yīng)該怎么辦？請高手指教，謝謝 |
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2樓2014-03-31 21:39:08
柯艷萍
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【答案】應(yīng)助回帖
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柯艷萍: 金幣+10 2014-04-12 08:11:43
柯艷萍: 金幣+10 2014-04-12 08:11:43
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如2樓所說，對(duì)接是一個(gè)粗略結(jié)果。如果你計(jì)算出來的跟原晶體結(jié)構(gòu)等實(shí)驗(yàn)結(jié)果相距較多，那說明用的對(duì)接體系與你的目標(biāo)分子不是太合適，你可以更換幾個(gè)不同的對(duì)接軟件比較一下�；蛘吣憧梢詸z查一下你autodock準(zhǔn)備分子時(shí)候的電荷有沒有什么問題，還有NAD+與酶口袋的構(gòu)象，是不是不合適。軟件對(duì)接從初始構(gòu)象開始，你初始的NAD+的構(gòu)象不對(duì)，結(jié)果也會(huì)不好，建議你可以把那幾個(gè)能量能壘的數(shù)值調(diào)高，然后多用幾個(gè)不同的構(gòu)象做對(duì)接，比較一下。 動(dòng)力學(xué)的結(jié)果更精確，但時(shí)間比對(duì)接長，最好能夠把對(duì)接先優(yōu)化好，有一個(gè)好的起始構(gòu)象再開始動(dòng)力學(xué)。 |
4樓2014-04-12 01:02:07
柯艷萍
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5樓2014-04-12 08:21:21
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月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-04-13 09:31:42
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我的說法其實(shí)有點(diǎn)問題，也不叫能壘吧，在docking文件的paramater里面，把energy evaluations，generations，還有runs的數(shù)量提高。Torin tree里面檢查結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)動(dòng)狀態(tài)有沒有錯(cuò)誤。你下NAD的pdb是跟其他結(jié)構(gòu)結(jié)合的晶體，還是化合物單獨(dú)的晶體？如果跟其他蛋白的復(fù)合物，那你最好重新輸入一下結(jié)構(gòu)，例如用Gauss view畫一下結(jié)構(gòu)，再優(yōu)化一下，看你這個(gè)項(xiàng)目是只做NAD的樣子，雖然花點(diǎn)時(shí)間，但是就一個(gè)也沒啥關(guān)系了。 |
6樓2014-04-12 10:45:36
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8樓2014-04-13 20:48:20
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