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staventchoke

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本人進(jìn)行小分子在聚合物晶胞的擴(kuò)散行為研究，對(duì)聚合物晶胞進(jìn)行能量最小化構(gòu)想優(yōu)化與動(dòng)力學(xué)退火處理時(shí)，對(duì)于MS 6.0軟件，有幾個(gè)力場(chǎng)供選擇：universal、compass、pcff 與Dreiding可供更使用，聚合物體系為丙烯酸酯類(lèi)，之前用compsas力場(chǎng)，在做動(dòng)力學(xué)松弛（dynamics）時(shí)，密度曲線(xiàn)波動(dòng)大，請(qǐng)問(wèn)高手們對(duì)于丙烯酸酯體系聚合物，到底用哪個(gè)力場(chǎng)合適呢？

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大叔、博士、單身

1樓 2014-04-09 15:20:10

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staventchoke

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2樓: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 15:42:16
力場(chǎng)的話(huà)，聚合物用dreiding和pcff都行

密度曲線(xiàn)波動(dòng)大的話(huà)不知道你選的什么系綜和多少模擬時(shí)間，一般情況下，NPT系綜，模擬時(shí)間足夠長(zhǎng)體系達(dá)到穩(wěn)定時(shí)，密度是基本不變的了

選用的是NPT系統(tǒng)，聚合物為100個(gè)重復(fù)單元的甲基丙烯酸酯聚合物，在重復(fù)幾何優(yōu)化與退火處理后，在進(jìn)行1000ps的dynamics，密度曲線(xiàn)波動(dòng)有點(diǎn)大，繼續(xù)做1000ps，感覺(jué)波動(dòng)還是有點(diǎn)，是不是之前優(yōu)化不夠好呢？

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大叔、博士、單身

3樓2014-04-09 19:39:46

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pigrass

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月只藍(lán): 金幣+2, 感謝指導(dǎo)！ 2014-04-10 19:00:10

力場(chǎng)的話(huà)，聚合物用dreiding和pcff都行

密度曲線(xiàn)波動(dòng)大的話(huà)不知道你選的什么系綜和多少模擬時(shí)間，一般情況下，NPT系綜，模擬時(shí)間足夠長(zhǎng)體系達(dá)到穩(wěn)定時(shí)，密度是基本不變的了

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2樓2014-04-09 15:42:16

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【答案】應(yīng)助回帖

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月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2014-04-13 09:00:19

引用回帖:

3樓: Originally posted by staventchoke at 2014-04-09 19:39:46
選用的是NPT系統(tǒng)，聚合物為100個(gè)重復(fù)單元的甲基丙烯酸酯聚合物，在重復(fù)幾何優(yōu)化與退火處理后，在進(jìn)行1000ps的dynamics，密度曲線(xiàn)波動(dòng)有點(diǎn)大，繼續(xù)做1000ps，感覺(jué)波動(dòng)還是有點(diǎn)，是不是之前優(yōu)化不夠好呢？...

我剛看了下我的數(shù)據(jù) 好像說(shuō)錯(cuò)了
幾何優(yōu)化和動(dòng)力學(xué)模擬，結(jié)束的標(biāo)識(shí)是能量趨近于平衡，energies.xcd圖不波動(dòng)就好了

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4樓2014-04-09 19:47:24

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引用回帖:

4樓: Originally posted by pigrass at 2014-04-09 19:47:24
我剛看了下我的數(shù)據(jù) 好像說(shuō)錯(cuò)了
幾何優(yōu)化和動(dòng)力學(xué)模擬，結(jié)束的標(biāo)識(shí)是能量趨近于平衡，energies.xcd圖不波動(dòng)就好了...

是的，我講的是之后的Dynamics階段，做動(dòng)力學(xué)松弛時(shí)，密度曲線(xiàn)波動(dòng)比較大

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5樓2014-04-09 19:56:40

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