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壞孩子、新蟲 (小有名氣)
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[求助]
內(nèi)參基因篩選的問題 已有1人參與
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本人做的是一種藥用真菌內(nèi)參基因的篩選試驗，該真菌只有菌絲和菌核兩種形態(tài)，從菌絲接種到栽培料開始差不多110天能形成菌核。 現(xiàn)在看別人論文的試驗設(shè)計，都是取不同組織或不同生長時期或不同的脅迫處理等等，然后取樣測表達(dá)量，但是我的這個真菌內(nèi)參基因篩選目前只定下來取不同時期的樣品。而我的不同組織的話就只有菌絲和菌核。我后期的試驗只要知道不同時期表達(dá)穩(wěn)定的內(nèi)參基因就可以滿足了。 我想問的是別人的不同脅迫處理（比如低溫，或高溫）的依據(jù)是什么？和他們的后期試驗有關(guān)系嗎？ 求大神指點，金幣有限，全部奉上 |
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3樓2014-04-13 08:28:22
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【答案】應(yīng)助回帖
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不是搞真菌的，直說內(nèi)參基因的事情 內(nèi)參基因從設(shè)定開始到現(xiàn)在，其實都是一個有些爭議的問題 因為生命科學(xué)發(fā)展到現(xiàn)在，仍然基本上沒有實現(xiàn)量化，沒有一個絕對量的概念，所以比較表達(dá)量，必須依賴于一個恒定的基因。這一點，類似于化學(xué)早期對元素原子量的規(guī)定，大家都跟12C比，不然不可能統(tǒng)一。但是生命科學(xué)還遠(yuǎn)沒有到這個水平，我們的”內(nèi)參“，僅僅只是起到了歸一化的作用，遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能實現(xiàn)量化的統(tǒng)一。 但是恒定的基因幾乎是不存在的，人們選擇的一些常用的內(nèi)參基因，基本理論是這些基因從轉(zhuǎn)錄到mRNA到蛋白，一路上沒有太大的調(diào)控，他們就這樣穩(wěn)定的表達(dá)著。于是找到了一些結(jié)構(gòu)性的基因，比如actin，tubulin，GAPDH，U6，5S rRNA，histone etc 其實這些基因仍然會變，在不同的背景下，或者不同的條件下，這些基因都會變化。 二代測序的出現(xiàn)為RNA量化，提供了一個新的視野。 比如做了RNA-seq，有的基因測得多，有的基因測得少，如何歸一化？ 不用歸一化！ 因為RNA-seq建庫是不依賴于序列的克隆過程，可以認(rèn)為這個過程對待所有的RNA都是平等的，最終測到多的，就可以認(rèn)為表達(dá)量高，測得少的，就是表達(dá)量低。 然后人們再反過來看那些曾經(jīng)選定的內(nèi)參基因。 在RNA-seq數(shù)據(jù)中，經(jīng)常就在變，根本不”恒定“。 所以我覺得在目前的大環(huán)境下，你再去選擇一個新系統(tǒng)的內(nèi)參基因，不妨做一次RNA-seq，在你選擇的環(huán)境/因素/背景下，找那些變化不大的基因，再在這些基因中挑選相對比較”恒定“的基因。從高通量的角度出發(fā)，你會有更大的收貨。 |
2樓2014-04-12 21:31:51
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5樓2014-04-13 20:15:46
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