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keke_1210木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Autodock三體對(duì)接
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我現(xiàn)在做的是蛋白酶抑制劑的動(dòng)力學(xué)模擬研究。抑制劑與該酶的輔酶因子競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合該酶。現(xiàn)在已經(jīng)做了抑制劑與該酶的分子動(dòng)力學(xué)模擬，知道其機(jī)理，想進(jìn)一步確定下輔酶因子的非競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合的作用能，與抑制劑進(jìn)行比較。 想將輔酶因子對(duì)接到抑制劑與該酶的復(fù)合物，然后進(jìn)行一段時(shí)間的MD，這個(gè)是做半柔性對(duì)接好呢，還是剛性對(duì)接好呢？半柔性對(duì)接的話需要限制哪些鍵或殘基不旋轉(zhuǎn)？這個(gè)半柔性對(duì)接對(duì)于輔酶因子不知道符不符合生物上的機(jī)理？ 現(xiàn)在用的對(duì)接軟件是AUTODOCK4.0，有沒(méi)有更好地建議？ |
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這個(gè)似乎沒(méi)有一個(gè)比較準(zhǔn)確的說(shuō)法，都是免費(fèi)的，我覺(jué)得你可以自己拿自己的幾個(gè)體系測(cè)試一下，哪個(gè)好一點(diǎn)就用哪個(gè)咯 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
5樓2016-01-29 19:24:19
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