 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (1032)
- >考研 (187)
- >導(dǎo)師招生 (140)
- >基金申請(qǐng) (21)
- >考博 (14)
- >蟲(chóng)友互識(shí) (10)
- >碩博家園 (8)
- >休閑灌水 (7)
- >博后之家 (5)
- >招聘信息布告欄 (4)
- >論文道賀祈福 (4)
- >復(fù)合材料 (2)
- >學(xué)術(shù)會(huì)議 (2)
- >教師之家 (2)
- >找工作 (2)
- >專(zhuān)業(yè)外語(yǔ) (1)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 977 | 回復(fù): 3 | |||
feidianmaomao木蟲(chóng) (小有名氣)
|
[求助]
在win7下用autodock4進(jìn)行分子對(duì)接出現(xiàn)的一些奇怪現(xiàn)象 已有2人參與
|
|
由于本人初學(xué)autodock，選了一個(gè)酶和幾個(gè)化合物按百度上的操作說(shuō)明進(jìn)行模擬對(duì)接，結(jié)果發(fā)現(xiàn)一些問(wèn)題，望高手們輔導(dǎo)解釋?zhuān)簧醺兄x！ 1、同樣的蛋白、同樣的化合物、同樣的格子大小、同樣的dock參數(shù)，最后對(duì)接有時(shí)成功有時(shí)失敗，結(jié)果通過(guò)重啟電腦后什么都不做就只運(yùn)行autodock就能對(duì)接成功。 2、在上述成功的條件下，做下一個(gè)化合物時(shí)還是要重啟電腦再算，這種狀態(tài)令人很崩潰啊。 3、在多次失敗的情況下發(fā)現(xiàn)一些情況，就是AutoDockTools界面的右下側(cè)Time值和左下側(cè)的FR值，以及Autodock Process Manager界面里的一個(gè)數(shù)值每次都不一樣，能否通過(guò)這些值判定該次對(duì)接能否成功呢？目前掌握的規(guī)律是Autodock Process Manager界面里的數(shù)值較小時(shí)成功率要高，但不知道它是怎么產(chǎn)生的，同樣的條件下重啟電腦后它就會(huì)變小，但電腦打開(kāi)其它軟件，干了其它活，再用autodock4進(jìn)行對(duì)接，該值就會(huì)變大，失敗率提高，令人無(wú)語(yǔ)。 4、對(duì)接失敗時(shí)，在論壇尋找解決方案時(shí)，發(fā)現(xiàn)有人提到grid size的設(shè)置即65,65,65，要設(shè)成63,63,63，這個(gè)具體在哪里設(shè)置，在autodock4里實(shí)在是沒(méi)找到，望解答。 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
哈爾濱理工大學(xué)物理系招收物理學(xué)考研調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
0702一志愿吉大B區(qū)求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
物理學(xué)I論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有150人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
0702一志愿吉大B區(qū)求調(diào)劑有論文
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
請(qǐng)問(wèn)還有沒(méi)有用Latex寫(xiě)文章的小伙伴們？
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
光學(xué)工程學(xué)碩調(diào)劑信息
已經(jīng)有31人回復(fù)
-
歡迎加入課題組
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
散金幣，求好運(yùn)，祝面上順利！
已經(jīng)有65人回復(fù)
-
華東師范大學(xué)芯片設(shè)計(jì)徐瓏真實(shí)水平咋樣
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- autodock對(duì)接的氫鍵
已經(jīng)有7人回復(fù)
- autodock柔性對(duì)接
已經(jīng)有5人回復(fù)
- Autodock對(duì)接構(gòu)象準(zhǔn)確性的評(píng)價(jià)——RMSD
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 用autodock對(duì)接，用什么軟件定點(diǎn)突變蛋白質(zhì)
已經(jīng)有14人回復(fù)
- linux下的autodock在run autodock時(shí)不出現(xiàn)dlg文件
已經(jīng)有8人回復(fù)
- autodock對(duì)接時(shí)蛋白的處理問(wèn)題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 配體結(jié)構(gòu)中有B原子，怎么用autodock做對(duì)接？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- autodock4 can't create log file C:\Program Files\MGLTools 1.5.4\WORK\p?.dlg
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 用autodock做對(duì)接，box設(shè)置無(wú)法包括受體活性區(qū)域和配體
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 使用autodock4.2處理分子對(duì)接問(wèn)題，在run autogrid時(shí)總是出錯(cuò)，請(qǐng)各位高人指點(diǎn)��？？
已經(jīng)有10人回復(fù)
- AUTODOCK對(duì)接步驟求助(附圖）
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 用AutoDock作分子對(duì)接前的小分子能量最小化問(wèn)題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- Autodock對(duì)接構(gòu)象有問(wèn)題，請(qǐng)教
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】win7下安裝AUTODOCK出現(xiàn)問(wèn)題，求幫助(附截圖）
已經(jīng)有17人回復(fù)
- 【求助】autodock4 安裝問(wèn)題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步無(wú)法對(duì)接,弄了幾天!
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】求助：怎樣將Autodock做出來(lái)的對(duì)接圖保存成pdb格式？謝謝
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【求助】求助autodock4安裝xp下需要何種電腦配置
已經(jīng)有8人回復(fù)
【答案】應(yīng)助回帖
|
對(duì)于你的狀況我表示相當(dāng)同情，當(dāng)然原諒我也忍不住笑了。 基于你的情況我建議你先按照教程練習(xí)一遍，你可能會(huì)找到不同的教程，有的詳細(xì)有的簡(jiǎn)略，建議你在百度文庫(kù)你搜，有幾篇非常詳細(xì)的。 grid size 是在grid box里面設(shè)置的。設(shè)置的數(shù)值不是人家說(shuō)多少就是多少，而是要看你的受體的活性位點(diǎn)在哪里，設(shè)置的參數(shù)（出現(xiàn)的那個(gè)框框）要包含活性位點(diǎn)。 活性位點(diǎn)的確定是要靠查閱文獻(xiàn)來(lái)確定的。 還是建議你先跟著教程走一遍。不要急，嘿嘿 |
2樓2014-05-16 22:48:48
zhang360
新蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 1012.3
- 紅花: 3
- 帖子: 687
- 在線: 82.6小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 2968599
- 注冊(cè): 2014-02-14
- 專(zhuān)業(yè): 中藥藥效物質(zhì)
3樓2016-07-09 16:59:04
心與夢(mèng)
木蟲(chóng) (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1476.3
- 帖子: 39
- 在線: 49.2小時(shí)
- 蟲(chóng)號(hào): 3232856
- 注冊(cè): 2014-05-25
- 專(zhuān)業(yè): 化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)
4樓2017-03-02 21:54:07
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 feidianmaomao 的主題更新
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +6 | △小透明* 2026-03-17 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 初始318分求調(diào)劑（有工作經(jīng)驗(yàn)） +3 | 1911236844 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑 +5 | 守候夕陽(yáng)CF 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料專(zhuān)業(yè)求調(diào)劑 +6 | hanamiko 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +6 | www_q 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +5 | 申子申申 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +4 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料工程348求調(diào)劑 +3 | ￣^￣゜汗 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)求調(diào)劑 +4 | Stella_Yao 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | eation27 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南理工085701環(huán)境302求調(diào)劑院校 +3 | 葵梓衛(wèi)隊(duì) 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 081700化工學(xué)碩調(diào)劑 +3 | 【1】 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +6 | knight344 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +3 | 我愛(ài)生物生物愛(ài)?/a> 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +8 | 一定有學(xué)上- 2026-03-14 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽(yáng)花天天開(kāi)心 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[論文投稿] 有沒(méi)有大佬發(fā)小論文能帶我個(gè)二作 +3 | 增銳漏人 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 11408 一志愿西電，277分求調(diào)劑
+3
|
zhouzhen654 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +4 | 這么名字咋樣 2026-03-14 | 6/300 |
|