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feidianmaomao木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
在win7下用autodock4進(jìn)行分子對(duì)接出現(xiàn)的一些奇怪現(xiàn)象 已有2人參與
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由于本人初學(xué)autodock，選了一個(gè)酶和幾個(gè)化合物按百度上的操作說(shuō)明進(jìn)行模擬對(duì)接，結(jié)果發(fā)現(xiàn)一些問(wèn)題，望高手們輔導(dǎo)解釋，不甚感謝！ 1、同樣的蛋白、同樣的化合物、同樣的格子大小、同樣的dock參數(shù)，最后對(duì)接有時(shí)成功有時(shí)失敗，結(jié)果通過(guò)重啟電腦后什么都不做就只運(yùn)行autodock就能對(duì)接成功。 2、在上述成功的條件下，做下一個(gè)化合物時(shí)還是要重啟電腦再算，這種狀態(tài)令人很崩潰啊。 3、在多次失敗的情況下發(fā)現(xiàn)一些情況，就是AutoDockTools界面的右下側(cè)Time值和左下側(cè)的FR值，以及Autodock Process Manager界面里的一個(gè)數(shù)值每次都不一樣，能否通過(guò)這些值判定該次對(duì)接能否成功呢？目前掌握的規(guī)律是Autodock Process Manager界面里的數(shù)值較小時(shí)成功率要高，但不知道它是怎么產(chǎn)生的，同樣的條件下重啟電腦后它就會(huì)變小，但電腦打開(kāi)其它軟件，干了其它活，再用autodock4進(jìn)行對(duì)接，該值就會(huì)變大，失敗率提高，令人無(wú)語(yǔ)。 4、對(duì)接失敗時(shí)，在論壇尋找解決方案時(shí)，發(fā)現(xiàn)有人提到grid size的設(shè)置即65,65,65，要設(shè)成63,63,63，這個(gè)具體在哪里設(shè)置，在autodock4里實(shí)在是沒(méi)找到，望解答。 |
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zhang360
新蟲(chóng) (正式寫手)
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3樓2016-07-09 16:59:04
【答案】應(yīng)助回帖
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對(duì)于你的狀況我表示相當(dāng)同情，當(dāng)然原諒我也忍不住笑了。 基于你的情況我建議你先按照教程練習(xí)一遍，你可能會(huì)找到不同的教程，有的詳細(xì)有的簡(jiǎn)略，建議你在百度文庫(kù)你搜，有幾篇非常詳細(xì)的。 grid size 是在grid box里面設(shè)置的。設(shè)置的數(shù)值不是人家說(shuō)多少就是多少，而是要看你的受體的活性位點(diǎn)在哪里，設(shè)置的參數(shù)（出現(xiàn)的那個(gè)框框）要包含活性位點(diǎn)。 活性位點(diǎn)的確定是要靠查閱文獻(xiàn)來(lái)確定的。 還是建議你先跟著教程走一遍。不要急，嘿嘿 |
2樓2014-05-16 22:48:48
心與夢(mèng)
木蟲(chóng) (初入文壇)
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- 專業(yè): 化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)
4樓2017-03-02 21:54:07
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