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ririgay木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
gaussian求助 計(jì)算后出現(xiàn)新的鍵以及生成FCHK文件后出現(xiàn)新的鍵 已有1人參與
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求助，有時(shí)候計(jì)算金屬離子與配體絡(luò)合之后會(huì)在金屬離子與配體間出現(xiàn)新的鍵，看起來(lái)就像是金屬離子直接連在配體分子上一樣 還有就是計(jì)算后的結(jié)果OUT文件沒(méi)有問(wèn)題，生成的FCHK文件卻出現(xiàn)了金屬與配體相連的鍵，請(qǐng)問(wèn)這是什么原因？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+2 2014-04-22 17:20:10
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+2 2014-04-22 17:20:10
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這種情況很正常，我也出現(xiàn)過(guò)在out文件里面通過(guò)高斯view顯示有鍵的，到了fch文件里面用高斯view打開(kāi)又消失了！ 其實(shí)成鍵與否單純的通過(guò)高斯view觀察就能得出確切的結(jié)論嗎？ 肯定不是�。∥覀儍蓚�(gè)人的情況說(shuō)明，高斯view對(duì)于out文件和fch文件的成鍵定義不相同或者有其他原因，從而顯示出這種情況，關(guān)鍵是轉(zhuǎn)換成fch文件后，體系的結(jié)構(gòu)參數(shù)肯定是沒(méi)有變化的，所以對(duì)于你接下來(lái)的分析應(yīng)該完全沒(méi)有影響！也就是說(shuō)高斯view顯示的成鍵與否對(duì)于你判斷其真正的成鍵作用并不具有絕對(duì)的指導(dǎo)作用，需通過(guò)其他手段加以佐證或批判。 |
2樓2014-04-22 09:45:28
ririgay
木蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2014-04-22 10:57:00
【答案】應(yīng)助回帖
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這個(gè)我沒(méi)有試過(guò)，可以用其他軟件進(jìn)行可視化，或者得到圖像后自己通過(guò)畫(huà)圖軟件人工消除�？赡茉诟咚箆iew的設(shè)置文件中有關(guān)于成鍵判定的標(biāo)準(zhǔn)，更改一下。（沒(méi)有嘗試過(guò)）給你上傳一個(gè)高斯view的手冊(cè)，你自己嘗試著學(xué)習(xí)一下，我看了一下手冊(cè)的24頁(yè)Rebonding Structures部分好像是你需要的，我還沒(méi)試，共同學(xué)習(xí)吧！可能版內(nèi)有高手會(huì)這些處理。睡午覺(jué)了！下午再說(shuō) |
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2014-04-22 12:35:38, 36.12 M
4樓2014-04-22 12:38:43
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