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ririgay木蟲 (小有名氣)
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[求助]
gaussian求助 計(jì)算后出現(xiàn)新的鍵以及生成FCHK文件后出現(xiàn)新的鍵 已有1人參與
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求助，有時(shí)候計(jì)算金屬離子與配體絡(luò)合之后會在金屬離子與配體間出現(xiàn)新的鍵，看起來就像是金屬離子直接連在配體分子上一樣 還有就是計(jì)算后的結(jié)果OUT文件沒有問題，生成的FCHK文件卻出現(xiàn)了金屬與配體相連的鍵，請問這是什么原因？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+2 2014-04-22 17:20:10
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+2 2014-04-22 17:20:10
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這種情況很正常，我也出現(xiàn)過在out文件里面通過高斯view顯示有鍵的，到了fch文件里面用高斯view打開又消失了！ 其實(shí)成鍵與否單純的通過高斯view觀察就能得出確切的結(jié)論嗎？ 肯定不是啊！我們兩個(gè)人的情況說明，高斯view對于out文件和fch文件的成鍵定義不相同或者有其他原因，從而顯示出這種情況，關(guān)鍵是轉(zhuǎn)換成fch文件后，體系的結(jié)構(gòu)參數(shù)肯定是沒有變化的，所以對于你接下來的分析應(yīng)該完全沒有影響！也就是說高斯view顯示的成鍵與否對于你判斷其真正的成鍵作用并不具有絕對的指導(dǎo)作用，需通過其他手段加以佐證或批判。 |
2樓2014-04-22 09:45:28
ririgay
木蟲 (小有名氣)
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3樓2014-04-22 10:57:00
【答案】應(yīng)助回帖
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這個(gè)我沒有試過，可以用其他軟件進(jìn)行可視化，或者得到圖像后自己通過畫圖軟件人工消除�？赡茉诟咚箆iew的設(shè)置文件中有關(guān)于成鍵判定的標(biāo)準(zhǔn)，更改一下。（沒有嘗試過）給你上傳一個(gè)高斯view的手冊，你自己嘗試著學(xué)習(xí)一下，我看了一下手冊的24頁Rebonding Structures部分好像是你需要的，我還沒試，共同學(xué)習(xí)吧！可能版內(nèi)有高手會這些處理。睡午覺了！下午再說 |
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2014-04-22 12:35:38, 36.12 M
4樓2014-04-22 12:38:43
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