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ririgay木蟲 (小有名氣)
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[求助]
gaussian求助 計算后出現(xiàn)新的鍵以及生成FCHK文件后出現(xiàn)新的鍵 已有1人參與
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求助，有時候計算金屬離子與配體絡合之后會在金屬離子與配體間出現(xiàn)新的鍵，看起來就像是金屬離子直接連在配體分子上一樣 還有就是計算后的結(jié)果OUT文件沒有問題，生成的FCHK文件卻出現(xiàn)了金屬與配體相連的鍵，請問這是什么原因？ |
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【答案】應助回帖
★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+2 2014-04-22 17:20:10
感謝參與，應助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+2 2014-04-22 17:20:10
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這種情況很正常，我也出現(xiàn)過在out文件里面通過高斯view顯示有鍵的，到了fch文件里面用高斯view打開又消失了！ 其實成鍵與否單純的通過高斯view觀察就能得出確切的結(jié)論嗎？ 肯定不是��！我們兩個人的情況說明，高斯view對于out文件和fch文件的成鍵定義不相同或者有其他原因，從而顯示出這種情況，關鍵是轉(zhuǎn)換成fch文件后，體系的結(jié)構(gòu)參數(shù)肯定是沒有變化的，所以對于你接下來的分析應該完全沒有影響！也就是說高斯view顯示的成鍵與否對于你判斷其真正的成鍵作用并不具有絕對的指導作用，需通過其他手段加以佐證或批判。 |
2樓2014-04-22 09:45:28
ririgay
木蟲 (小有名氣)
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3樓2014-04-22 10:57:00
【答案】應助回帖
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這個我沒有試過，可以用其他軟件進行可視化，或者得到圖像后自己通過畫圖軟件人工消除�？赡茉诟咚箆iew的設置文件中有關于成鍵判定的標準，更改一下。（沒有嘗試過）給你上傳一個高斯view的手冊，你自己嘗試著學習一下，我看了一下手冊的24頁Rebonding Structures部分好像是你需要的，我還沒試，共同學習吧！可能版內(nèi)有高手會這些處理。睡午覺了！下午再說 |
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2014-04-22 12:35:38, 36.12 M
4樓2014-04-22 12:38:43
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