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北京石油化工學院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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vasp001

金蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 69 (初中生)
金幣: 1513.7
散金: 134
紅花: 24
帖子: 702
在線: 326小時
蟲號: 727265
注冊: 2009-03-20
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[求助] Dmol3 做分子動力學模擬報錯已有1人參與

Dmol3 做分子動力學模擬報錯，錯誤如下：

dq B       NaN       NaN       NaN    0.283886 8.780477 0.969955
dq N       NaN       NaN       NaN -5.353392 6.297291 0.977270
dq B       NaN       NaN       NaN    4.537650  -1.284872  -0.978048
dq N       NaN       NaN       NaN -0.979113 0.453686  -0.468735
dq B       NaN       NaN       NaN    0.778156  -0.938722  -0.368904
dq N       NaN       NaN       NaN 13.823708  -0.334532  -1.320626
dq B       NaN       NaN       NaN -16.458306 1.939333 1.868321
dq N       NaN       NaN       NaN -2.290754  -1.728536 0.630096
dq H       NaN       NaN       NaN    0.524552 0.302119 0.002114

   Step    System Energy       Pot. Energy Temperature
MD    1          NaN Ha -2580.2609145 Ha    NaN K

System Energy is a sum of:
   Potential  = -2580.2609145Ha
   Kinetic =          NaNHa
   Thermostat =          NaNHa

Integration points, checksum  0    32634 521540    0.000000
Warning: al_reduce array size =0: doing nothing
Warning: al_reduce array size =0: doing nothing
Warning: al_reduce array size =0: doing nothing
Warning: al_reduce array size =0: doing nothing
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
Error: Overlap matrix is not positive definite.
This most likely means the basis set contains linear dependencies.
Consider increasing the atomic cutoff parameter or changing the basis set.
Error: Overlap matrix is not positive definite.
This most likely means the basis set contains linear depende
Consider increasing the atomic cutoff parameter or changing
Error: buffer size 0, array size =          6432

input 文件如下：

# Task parameters
Calculate                   molecular_dynamics
Write_HIS_File       on
Write_ARC_File       on
MD_Velocity          random
MD_Time_Step       1.0000
MD_Simann_panel
10000    NVT_NH    300.0000 2.0000
#
Symmetry                   off
Max_memory                   2048

# Electronic parameters
Spin_polarization          unrestricted
Start_Spin_Populations  on
11 1.0000
12 1.0000

charge                      0
Basis                      dnp
Pseudopotential             none
Functional                   pbe
Aux_density                octupole
Integration_grid             fine
Occupation                   thermal 0.0006
Cutoff_Global                3.9000 angstrom
Scf_density_convergence    9.0000e-006
Scf_charge_mixing          0.2000
Scf_spin_mixing             0.5000
Scf_iterations             600
Scf_diis                   6 pulay

# Kpoint definition file (intervals/offset):
Kpoints                      file    1 3 1 0.0000 0.0000 0.0000
6-B3N1-6.kpoints

# Calculated properties
Mulliken_analysis          charge

請問大家有沒有什么好的解決方案��？

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一定要精通MaterialsStudios,VASP.

1樓 2014-04-27 15:11:07

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

焦衛(wèi)紅

木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 2742.6
紅花: 2
帖子: 1778
在線: 188.9小時
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注冊: 2013-09-28
專業(yè): 理論和計算化學

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。 2014-05-05 21:49:32

Consider increasing the atomic cutoff parameter or changing the basis set.
考慮增加原子的截斷能參數(shù)或改變基組。

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2014-04-27 17:03:42