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分子動力學(xué)的時(shí)間
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我想問問各位大神 你們跑分子動力學(xué) 一般運(yùn)行時(shí)間是多長 我用DS做，已經(jīng)跑了100多小時(shí)了 不知道是不是死循環(huán)了 最后production設(shè)置是800ps的 蛋白是90多個(gè)氨基酸 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2013-04-03 08:40:36
asd724210: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝 2013-04-03 14:28:28
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| 不知道你的DS是安裝在什么樣的操作環(huán)境下的，如果是WIN環(huán)境下的話，長時(shí)間的用DS進(jìn)行動力學(xué)模擬很有可能會把機(jī)器給算死機(jī)了。DS的分子動力學(xué)模擬采用的是全原子的CHARMM力場，因此相對于其他動力學(xué)模擬軟件—（如AMBER,GROMACS等）速度會相對慢一點(diǎn)，但是全原子力場是有它自己的優(yōu)勢的。至于計(jì)算有沒有進(jìn)入死循環(huán)，WIN的話看看任務(wù)管理器中的相應(yīng)進(jìn)程，LINUX的話在終端下打TOP命令就能看到了。一般DS分子動力學(xué)模擬的進(jìn)程應(yīng)該是CHARMM.MPI（并行）的。 |
8樓2013-04-02 10:01:40
9樓2013-04-03 14:35:56
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10樓2013-04-05 16:34:08
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