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[交流]
Primer5里面的false priming令人困惑不已 已有5人參與
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用Primer5設(shè)計上下游引物的時候，感覺下游引物不太合適就編輯了一下，哪知編輯過后，false priming欄目里就出現(xiàn)了一個Most stable dimer，可我仔細瞅了瞅，這個dimer不就是下游引物和我的模板鏈結(jié)合在一起的嗎，這怎么算是false呢？而且顯示其Delta G是-44kcal/mol，我個人感覺Primer5對該引物false priming的判斷是錯誤的，大家覺得呢？ 另外，打開“All”后，還發(fā)現(xiàn)了另一個false priming dimer，也就是我編輯過后的引物和模板鏈其他部位的堿基對應堿基相連接起來了，我就不明白了，我只是把之前的那個下游引物的5’端和3’端各刪了一個堿基，難道在我沒刪那兩堿基之前，原本的那個下游引物就不能和模板鏈的相關(guān)部位的堿基連接起來嗎？ 感覺Primer5有許多地方讓我困惑，之前用其設(shè)計了一對引物，他們的cross dimer的Delta G是-5.4kcal/mol，而用oligo7檢測了后，mixed oligos的Delta G是-2.5kcal/mol，而且兩個軟件所生成的the most stable dimer的形式都不一樣。 軟件一只是用來預測的，其正確性一定不是100%，但是Primer5的false priming一欄讓我太過困惑，還希望戰(zhàn)友們不吝賜教，相互交流，不斷進步！ 謝過！ |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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7樓2018-07-01 18:29:46
快樂農(nóng)夫
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4樓2014-05-16 20:25:39
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