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Primer5里面的false priming令人困惑不已 已有5人參與
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用Primer5設(shè)計(jì)上下游引物的時(shí)候，感覺下游引物不太合適就編輯了一下，哪知編輯過后，false priming欄目里就出現(xiàn)了一個(gè)Most stable dimer，可我仔細(xì)瞅了瞅，這個(gè)dimer不就是下游引物和我的模板鏈結(jié)合在一起的嗎，這怎么算是false呢？而且顯示其Delta G是-44kcal/mol，我個(gè)人感覺Primer5對(duì)該引物false priming的判斷是錯(cuò)誤的，大家覺得呢？ 另外，打開“All”后，還發(fā)現(xiàn)了另一個(gè)false priming dimer，也就是我編輯過后的引物和模板鏈其他部位的堿基對(duì)應(yīng)堿基相連接起來了，我就不明白了，我只是把之前的那個(gè)下游引物的5’端和3’端各刪了一個(gè)堿基，難道在我沒刪那兩堿基之前，原本的那個(gè)下游引物就不能和模板鏈的相關(guān)部位的堿基連接起來嗎？ 感覺Primer5有許多地方讓我困惑，之前用其設(shè)計(jì)了一對(duì)引物，他們的cross dimer的Delta G是-5.4kcal/mol，而用oligo7檢測(cè)了后，mixed oligos的Delta G是-2.5kcal/mol，而且兩個(gè)軟件所生成的the most stable dimer的形式都不一樣。 軟件一只是用來預(yù)測(cè)的，其正確性一定不是100%，但是Primer5的false priming一欄讓我太過困惑，還希望戰(zhàn)友們不吝賜教，相互交流，不斷進(jìn)步！ 謝過！ |
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7樓2018-07-01 18:29:46
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8樓2018-07-02 18:43:36
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樓主可以說把問題描述的很清楚了，我之前跟你一樣，估計(jì)這塊改了后算法不一樣，覺得改了后看其他項(xiàng)情況是否答標(biāo)就可以了，還有你說改了后出現(xiàn)非特異性結(jié)合，估計(jì)你改動(dòng)了幾個(gè)堿基就滿足了程序算法就顯示出有非特異性結(jié)合位點(diǎn) 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
9樓2018-07-02 18:46:51
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