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q1036210267木蟲 (正式寫手)
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[求助]
Towhee 計算出問題了，肯請高手指點下 已有1人參與
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簡單介紹下，本人是一個 Towhee 軟件 的初學者，我先從基本的手冊學起，然后對照著手冊和軟件自帶的 計算例子。于是，我也照著搭建一兩個體系去測試下自己學到的東西。于是我創(chuàng)建了兩個非常簡單的體系。 1. 第一個體系：10個CO2的 NVT 體系。 這個簡單體系已經運行成功，但是出現(xiàn)個問題，那就是對CO2的力場定義。當我用將 CO2中的C定義為 C(或者A,B,D...)的時候，計算不報錯，但是當我將其定義為 C1 時候，計算就會報錯。這種情況原則上是不應該出現(xiàn)的（towhee 力場中好多都定義了CT1，CT2， CX, C1等）。錯誤信息和計算的input和ff文件詳見附件。 2. 第二個體系：10個CO2和10個CH4 的 NVT 體系。 這個體系我是參照軟件例子中的（Shula——Gasses）。結果計算沒有運行成功，報錯信息和相應的input和ff文件詳見附件。 注：為方便起見，我改變了 體系1和2 的 input 和 ff 文件名。Sample Text 我是個初學者，希望高手和大神 能夠指點一下。 體系1.png 體系2.png |
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同學你這文件問題比較多，對于第一個文件，你的分子類型數(shù)是1，但是你自己寫的2，不就是個二氧化碳么？當然nmolty改成1以后，后面的pmtcmt概率也就是1.0d0了，還有就是后面的構建分子的書寫方式不是最標準的方式，比如你寫的第一個基團的vibration 回車 2 回車 2 3 我們都不這么寫，至少后面的2 3是一個單獨占一行，你可以看我修改后的文件。還有個問題就是，我用你給的文件根本就跑不到你圖片顯示的那一步，最上面就出了問題，也不知道是不是軟件的事情。 此外力場里面也有問題，你定義的C應該是sp雜化，O應該是sp2雜化，這個你自己再查查。你的鍵角書寫也有問題，鍵角的后面的 A O之間少一個空格。 這里一定要注意，每一個基團自己要單獨沾滿11個空格才行,比如O..........A..........O..........，從第一個O前面數(shù)到A前面是11個空，從A前面數(shù)到O也是11個空。所以如果從你給的圖片里看的話，問題就是你改成C1后鍵沒有被識別，那么我估計你是多了空，自己數(shù)數(shù)吧。 |
2樓2014-05-17 18:58:41
【答案】應助回帖
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q1036210267: 金幣+20 2014-06-25 15:37:15
| 這是附件，我這里能跑通了已經。另外提醒你，input文件對空格要求不大，但是力場多個少個空格多個回車都是不行的�？磮箦e在哪里，自己過去改就可以了。 |
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2014-05-17 19:02:33, 1.5 K
3樓2014-05-17 19:04:03
4樓2014-05-17 19:15:01
q1036210267
木蟲 (正式寫手)
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5樓2014-06-25 15:36:51
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6樓2014-06-25 15:38:14
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