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q1036210267木蟲 (正式寫手)
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[求助]
Towhee 計(jì)算出問題了，肯請(qǐng)高手指點(diǎn)下 已有1人參與
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簡(jiǎn)單介紹下，本人是一個(gè) Towhee 軟件 的初學(xué)者，我先從基本的手冊(cè)學(xué)起，然后對(duì)照著手冊(cè)和軟件自帶的 計(jì)算例子。于是，我也照著搭建一兩個(gè)體系去測(cè)試下自己學(xué)到的東西。于是我創(chuàng)建了兩個(gè)非常簡(jiǎn)單的體系。 1. 第一個(gè)體系：10個(gè)CO2的 NVT 體系。 這個(gè)簡(jiǎn)單體系已經(jīng)運(yùn)行成功，但是出現(xiàn)個(gè)問題，那就是對(duì)CO2的力場(chǎng)定義。當(dāng)我用將 CO2中的C定義為 C(或者A,B,D...)的時(shí)候，計(jì)算不報(bào)錯(cuò)，但是當(dāng)我將其定義為 C1 時(shí)候，計(jì)算就會(huì)報(bào)錯(cuò)。這種情況原則上是不應(yīng)該出現(xiàn)的（towhee 力場(chǎng)中好多都定義了CT1，CT2， CX, C1等）。錯(cuò)誤信息和計(jì)算的input和ff文件詳見附件。 2. 第二個(gè)體系：10個(gè)CO2和10個(gè)CH4 的 NVT 體系。 這個(gè)體系我是參照軟件例子中的（Shula——Gasses）。結(jié)果計(jì)算沒有運(yùn)行成功，報(bào)錯(cuò)信息和相應(yīng)的input和ff文件詳見附件。 注：為方便起見，我改變了 體系1和2 的 input 和 ff 文件名。Sample Text 我是個(gè)初學(xué)者，希望高手和大神 能夠指點(diǎn)一下。 體系1.png 體系2.png |
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【答案】應(yīng)助回帖
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月只藍(lán): 金幣+5, 感謝分享研究成果！ 2014-05-30 18:52:11
q1036210267: 金幣+20 2014-06-25 15:37:15
月只藍(lán): 金幣+5, 感謝分享研究成果！ 2014-05-30 18:52:11
q1036210267: 金幣+20 2014-06-25 15:37:15
| 這是附件，我這里能跑通了已經(jīng)。另外提醒你，input文件對(duì)空格要求不大，但是力場(chǎng)多個(gè)少個(gè)空格多個(gè)回車都是不行的�？磮�(bào)錯(cuò)在哪里，自己過去改就可以了。 |
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2014-05-17 19:02:33, 1.5 K
3樓2014-05-17 19:04:03
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-05-30 18:52:05
q1036210267: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-06-25 15:37:21
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-05-30 18:52:05
q1036210267: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-06-25 15:37:21
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同學(xué)你這文件問題比較多，對(duì)于第一個(gè)文件，你的分子類型數(shù)是1，但是你自己寫的2，不就是個(gè)二氧化碳么？當(dāng)然nmolty改成1以后，后面的pmtcmt概率也就是1.0d0了，還有就是后面的構(gòu)建分子的書寫方式不是最標(biāo)準(zhǔn)的方式，比如你寫的第一個(gè)基團(tuán)的vibration 回車 2 回車 2 3 我們都不這么寫，至少后面的2 3是一個(gè)單獨(dú)占一行，你可以看我修改后的文件。還有個(gè)問題就是，我用你給的文件根本就跑不到你圖片顯示的那一步，最上面就出了問題，也不知道是不是軟件的事情。 此外力場(chǎng)里面也有問題，你定義的C應(yīng)該是sp雜化，O應(yīng)該是sp2雜化，這個(gè)你自己再查查。你的鍵角書寫也有問題，鍵角的后面的 A O之間少一個(gè)空格。 這里一定要注意，每一個(gè)基團(tuán)自己要單獨(dú)沾滿11個(gè)空格才行,比如O..........A..........O..........，從第一個(gè)O前面數(shù)到A前面是11個(gè)空，從A前面數(shù)到O也是11個(gè)空。所以如果從你給的圖片里看的話，問題就是你改成C1后鍵沒有被識(shí)別，那么我估計(jì)你是多了空，自己數(shù)數(shù)吧。 |
2樓2014-05-17 18:58:41
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只藍(lán): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-05-30 18:52:16
q1036210267: 金幣+20, ★★★很有幫助 2014-06-25 15:37:06
月只藍(lán): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-05-30 18:52:16
q1036210267: 金幣+20, ★★★很有幫助 2014-06-25 15:37:06
| 第二個(gè)文件依然是那些問題，自己嘗試修改吧，這個(gè)東西自己改一遍學(xué)的更快。聚個(gè)栗子，你的第二個(gè)混合物的力場(chǎng)文件中H前面多個(gè)空格，我看別的都沒有，這個(gè)也去掉吧。然后遇到問題去看手冊(cè)里的input文件，看看里面的格式要求，比如構(gòu)建分子部分，后面寫上單鍵雙鍵會(huì)更好一些。 |
4樓2014-05-17 19:15:01
q1036210267
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
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- 注冊(cè): 2011-07-15
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- 專業(yè): 藥物化學(xué)
5樓2014-06-25 15:36:51
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