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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » MS discover求助
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chw217木蟲 (正式寫手)
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[求助]
MS discover求助 已有1人參與
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用discover做離子在礦物表面的動力學模擬。 按照help實例進行 1.對表面分配力場、刪除化學鍵，然后運行minimizer 2.把離子粘到礦物表面，dynamic，出現(xiàn)了如下問題。 然后，對整個體系重新分配力場，但是問題又來了 求高手解答。另外，我的離子是Pb，是不是沒有對應(yīng)的力場。 |
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chw217
木蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 分離過程
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不知道，我的理解對不對。 按照help所說，對于非金屬氧化物等非共價體系，要先賦予力場，再刪除化學鍵進行計算。 先說說，我上面的步驟： 1，晶體為金紅石TiO2,先進行切面，然后discover/typing賦予compass力場，刪除化學鍵。 2，discover/minimizer,然后建立超晶胞 3，把Pb（OH）2放到晶體表面，dynamic。然后就出現(xiàn)了如上錯誤。 那么，錯誤是不是應(yīng)為沒有對Pb（OH）2賦予力場？ 然后，問題又來了。直接對整體賦予力場出現(xiàn)如下錯誤： 然后，我又重新來，重建晶體表面的化學鍵，對整體重新賦予力場。結(jié)果只有一個原子沒有被賦予力場。Pb原子。 這是什么原因呢？是不是Pb不適用于compass力場？ |
3樓2014-05-30 22:13:00
月只藍
主管區(qū)長 (職業(yè)作家)
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專家經(jīng)驗: +1059 - 模擬EPI: 1
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- 專業(yè): 宇宙學
- 管轄: 計算模擬區(qū)
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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參見MS help文檔 Discover的tutorials: Forcefield typing in metal oxides，該教程中講解了問題出現(xiàn)的原因，以及解決的方法。 Forcefield typing uses predefined rules to assign a type to each atom in the structure. For example, a carbon atom in a benzene ring has a different forcefield type to that of one in an alkyl chain, as it will have different preferred geometric and energetic properties associated with it. When atoms are forcefield typed, the carbon atom in the benzene ring will be classified as c3a, whereas that in the chain will be c4. Typing the atoms allows the correct forcefield parameters to be used in determining the energies and forces for your particular system. Usually, forcefield typing is performed automatically by Discover using the general rules of the typing engine, so manual forcefield typing is not required. However, in certain cases, one has to forcefield type the atoms manually to ensure they are set correctly. In the case of ionic structures such as metal oxides, the bonds between the metal and the oxygen atoms are primarily ionic. This means that the concept of a covalent bond is not applicable to these structures and the bond must be deleted for the calculation to proceed. Conversely, the atoms must be bonded so that the forcefield typing engine can detect the environment of the atoms to predict the typing correctly. In these situations, you should use the typing engine in Discover to type the atoms and then remove the bonds before any calculations can be performed. Otherwise, Discover will look for bond parameters which do not exist. |
2樓2014-05-30 20:27:06
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