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cenwanglai榮譽版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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[求助]
經(jīng)典分子動力學截斷半徑設置為多少比較合適？ 已有1人參與
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在DL_POLY中，截斷半徑有兩個：一個是總的截斷半徑cutoff，另外一個是范德華力截斷半徑rvdw cutoff. 程序要求rvdw cutoff <=cutoff. 我的問題是，根據(jù)什么原則來設置cutoff呢？ （1）如果計算資源無限，原則上，是不是cutoff越大越好？ （2）是不是可以通過一個系列的測試來確定合理的cutoff: 按照一定間隔設置5~8個截斷半徑，相同狀態(tài)（nPVT)下,看系統(tǒng)平衡后的總能隨截斷半徑的變化趨勢。 截斷半徑越大，總能越低，取總能趨于穩(wěn)定的最小截斷半徑。 （3）設置一套參數(shù)，計算可以與實驗結(jié)果相比較的性質(zhì)，一次來判定參數(shù)設置的合理性。但我覺得，應該先按照（2）的方式明確截斷半徑的影響規(guī)律，然后才考慮與實驗結(jié)果的對比驗證。因為，即使與實驗吻合的再好，但對其中的物理本質(zhì)和規(guī)律沒有理解到，不能算是好的模擬計算工作。 (4)具體到簡單氣體分子（5個原子以下的氣體分子）體系，近常溫常壓下分子之間的距離在15~30埃；如果考慮200*200*300埃的大盒子，截斷半徑一般在多大范圍？ |
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 amber |
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范德華力屬于長程引力，Cutoff不宜設置太小。但是設置太大了明顯大幅增加計算量，因此cutoff應該設置成滿足計算精度的前提條件下的最小值。 如果勢函數(shù)中已經(jīng)規(guī)定了cutoff，那就不費心了。 如果勢函數(shù)參數(shù)已經(jīng)確定，而cutoff不確定，那么cutoff定為多少合適呢？ 一般來說應該做一個測試，設置不同的cutoff，如果有Rc1<Rc2，而相應的能量和力，以及結(jié)構(gòu)參數(shù)RDF等的計算結(jié)果基本一樣，那么就設為Rc1。 |
4樓2014-06-03 09:29:31
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