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金蟲 (小有名氣)

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[求助] 求教：關(guān)于同源建模PBD蛋白結(jié)構(gòu)問題

論壇的各位大神，小弟屬于同源建模的新手，現(xiàn)在有遇到很多問題，求高手指點指點。

1、希望進(jìn)行一個人的P-gp蛋白的建模，現(xiàn)在分析同源性最高的鼠源P-gp，取其做單模板建模，但是分析從PDB下載的結(jié)構(gòu)文件發(fā)現(xiàn)，蛋白的結(jié)構(gòu)序列有缺失，但是從DS中讀取protein report發(fā)現(xiàn)有提供相關(guān)的氨基酸序列，問題：在同源建模前要不要在蛋白的原序列補全缺失的氨基酸，以此作為模板？

2、P-gp作為一個蛋白二聚體結(jié)構(gòu)，而查到的人源P-gp序列只有單個結(jié)構(gòu)序列，因此只選取其中一個結(jié)構(gòu)作為模板，現(xiàn)在有個問題是前期的摸索中，使用了常用的在線建模網(wǎng)站SWISS，或者easymodeller，或者直接使用DS進(jìn)行建模時，做法都是跟著教程。發(fā)現(xiàn)以A鏈為同源模建為模板時，構(gòu)建的蛋白結(jié)構(gòu)直接從3D圖分析就發(fā)現(xiàn)一部分NBD區(qū)與原模板的重疊性不是很好，而直接以B鏈為同源模板時，構(gòu)建的蛋白結(jié)構(gòu)相對來說，與原模板的重疊性相對較好，沒有出現(xiàn)構(gòu)象的太大變化。最后我將A鏈和B鏈做的sequence alignment分析，兩條鏈的氨基酸序列很相似，就僅B鏈相對缺失了5個氨基酸。外國的paper都是以A鏈建模的多，國內(nèi)有文章直接使用在線服務(wù)器則直接采用B鏈，問題：有沒有高手知道出現(xiàn)這種情況的原因？是不是進(jìn)行校對后要對序列進(jìn)行二級結(jié)構(gòu)修改才能同源建模？還是說這種情況要進(jìn)行動力學(xué)優(yōu)化才能評價模型的準(zhǔn)確性。

小弟新手，求高手不惜賜教。

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埋頭苦干，徒勞無功，心理智清，成就大事

1樓 2014-06-03 16:07:19

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