 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 查看: 4101 | 回復(fù): 12 | ||
厚德求是木蟲 (著名寫手)
|
[求助]
求助！蛋白質(zhì)同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么辦？ 已有4人參與
|
|
|
求助！ 現(xiàn)在課題的主要目的是通過理性設(shè)計(jì)來提高酶蛋白的熱穩(wěn)定性，主要的方法是定點(diǎn)突變酶非保守序列上的氨基酸來增加氫鍵，鹽橋（或者二硫鍵）等。 因?yàn)槲业哪０宓鞍资菦]有已知三維結(jié)構(gòu)的，所以需要用同源建模的方法來模擬出我的蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)，預(yù)測(cè)保守序列（活性中心）并避開它們?cè)谄渌胤阶鐾蛔儯倮糜?jì)算機(jī)模擬突變的結(jié)果，選擇能夠突變的氨基酸，再進(jìn)行試驗(yàn)驗(yàn)證。 我目前用來建模的軟件是DS里面的同源建模板塊，有文獻(xiàn)報(bào)道過對(duì)我這個(gè)酶進(jìn)行同源建模，用的是Swiss......我覺得這些人報(bào)道的不見得可信，因此我想自己建�？纯础� 現(xiàn)在的問題是，通過DS模板搜索版塊得到的模板（30%相似性，但此模板和文獻(xiàn)報(bào)道中用過的一樣）和我的酶不是同工酶！用這個(gè)模板做的模型結(jié)果里面的蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)改變了，少了17個(gè)氨基酸，而且氨基酸排列順序也變了！這樣就沒法做結(jié)構(gòu)評(píng)價(jià)了！更不要說模擬突變其他位點(diǎn)了，而且模擬出來的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圓形，所以我猜用現(xiàn)在這樣的方法是沒法做出來了。 所以，我想要保證蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)不變，要用什么方法繼續(xù)建模？求助  |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
被我言中：新模板不強(qiáng)調(diào)格式了，假專家開始管格式了
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
085600材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料與化工求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
277調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
290求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料工程專碩調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
26考研求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
求調(diào)劑，總分315，考的生物醫(yī)藥，一志愿湖南師范大學(xué)。調(diào)劑到任何專業(yè)都可以
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
311求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
303求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 求助有關(guān)蛋白同源性問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)同源模建求助！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 同源建模時(shí)怎樣計(jì)算一致性和相似性
已經(jīng)有4人回復(fù)
- swiss-model 模建
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 同源建模之----分別建模
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 請(qǐng)問，兩條不同來源的DNA序列，相似度達(dá)到多少時(shí)，才可以判定為同源？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 同源建模需要準(zhǔn)備哪些資料
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 求助，已有PDB結(jié)構(gòu)的DS同源建模步驟，謝謝
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 同源建模，希望建的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，N端和C端分別使用不同的蛋白模版，請(qǐng)教
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 蛋白分子建模 小分子化合物畫圖 酶與配體的分子模擬
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 請(qǐng)教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困難
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 求助Discovery Studio 或其他蛋白質(zhì)建模軟件 軟件
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 同源建模中Anolea是什么意思
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的結(jié)果怎么分析
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 求助蛋白質(zhì)氨基酸序列信號(hào)肽、導(dǎo)肽用在線軟件和ANTHEWIN預(yù)測(cè)后的數(shù)值該怎么進(jìn)行判斷？
已經(jīng)有1人回復(fù)
- 【求助】從同源建模開始，一個(gè)完整的分子對(duì)接實(shí)驗(yàn)需要多久？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【討論】分子模擬還是同源建模
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 【求助/交流】除了swiss-model還有別的預(yù)測(cè)基因蛋白三維結(jié)構(gòu)的工具嗎？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】modeller同源建模結(jié)果選擇
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】蛋白質(zhì)建模沒有同源模板怎么解決？
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 生物信息學(xué)專題－生物版，醫(yī)學(xué)版和信息科學(xué)版共同創(chuàng)建
已經(jīng)有87人回復(fù)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-03-28 20:42:25
月只藍(lán): 金幣+5, 鼓勵(lì)新手參與討論。 2014-03-28 20:42:33
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-03-28 20:42:25
月只藍(lán): 金幣+5, 鼓勵(lì)新手參與討論。 2014-03-28 20:42:33
|
現(xiàn)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，除了同源建模(同源性>30%)，還包括穿線法（Threading)(同源性%20-30%)和從頭預(yù)測(cè)（ab initio)(<150個(gè)aa).序列相似度30-50%，結(jié)構(gòu)準(zhǔn)確度>80%。預(yù)測(cè)錯(cuò)誤主要集中在環(huán)狀區(qū)域。 序列相似度20-30%，結(jié)構(gòu)準(zhǔn)確度55%左右。網(wǎng)站 http://www.expasy.org/tools，自己看看吧。當(dāng)然還有NAMD法，根據(jù)能量最小而完全計(jì)算機(jī)建模。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
厚德求是6樓2014-03-27 16:55:33
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
厚德求是: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝你的解答 2014-03-28 11:27:24
月只藍(lán): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-03-28 20:43:03
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
厚德求是: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝你的解答 2014-03-28 11:27:24
月只藍(lán): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-03-28 20:43:03
|
看了一下你的描述 建議你還是使用swiss model進(jìn)行同源建模 建模后蛋白質(zhì)一級(jí)序列缺失是比較正常的，只要同模板無法align的區(qū)域，又位于蛋白質(zhì)末端的話，都有可能無法出現(xiàn)在模板區(qū)域 至于氨基酸排列出問題，倒是沒有見過，如果你的DS設(shè)置正確的話，你還是換Swiss model來建模吧，用swiss model是不會(huì)導(dǎo)致氨基酸排列出問題的 此外，根據(jù)你說的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路，你其實(shí)不一定非要進(jìn)行同源建模。建模本來就是預(yù)測(cè)，你還要突變了之后根據(jù)建模的結(jié)果再進(jìn)行預(yù)測(cè)，這樣實(shí)際上意義已經(jīng)不大了。 單純選擇非保守殘基的話，可以通過序列比對(duì)。你的蛋白是酶蛋白，還可以通過文獻(xiàn)確定其反應(yīng)機(jī)理(發(fā)揮作用的幾個(gè)關(guān)鍵氨基酸類型，比如酸性、堿性啦)，避開保守位點(diǎn)的這些殘基。 而且，也可以通過在N端添加特定序列提高酶蛋白的耐熱。 最后，如果你這個(gè)酶蛋白有耐熱的同工酶的話，做個(gè)序列比對(duì)是最有意義的。 |
10樓2014-03-28 09:07:29
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
厚德求是: 金幣+4, ★★★很有幫助, 感謝您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-28 20:42:42
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
厚德求是: 金幣+4, ★★★很有幫助, 感謝您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-28 20:42:42
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
2樓2014-03-26 21:33:28
厚德求是
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 金幣: 2270.6
- 散金: 1050
- 紅花: 3
- 帖子: 1208
- 在線: 107.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 2418606
- 注冊(cè): 2013-04-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
3樓2014-03-27 16:11:59
厚德求是
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 金幣: 2270.6
- 散金: 1050
- 紅花: 3
- 帖子: 1208
- 在線: 107.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 2418606
- 注冊(cè): 2013-04-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
4樓2014-03-27 16:16:56
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
5樓2014-03-27 16:41:55
monsoncupid
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 18 (小學(xué)生)
- 金幣: 1629.9
- 紅花: 3
- 帖子: 105
- 在線: 47.9小時(shí)
- 蟲號(hào): 2637881
- 注冊(cè): 2013-09-05
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
7樓2014-03-27 20:02:28
厚德求是
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 金幣: 2270.6
- 散金: 1050
- 紅花: 3
- 帖子: 1208
- 在線: 107.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 2418606
- 注冊(cè): 2013-04-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
8樓2014-03-27 23:37:29
厚德求是
木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 41 (小學(xué)生)
- 金幣: 2270.6
- 散金: 1050
- 紅花: 3
- 帖子: 1208
- 在線: 107.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 2418606
- 注冊(cè): 2013-04-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
9樓2014-03-27 23:42:59
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 厚德求是 的主題更新
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +7 | 一定有學(xué)上- 2026-03-14 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +6 | 步川酷紫123 2026-03-11 | 6/300 |
|
|
[考研] 本人考085602 化學(xué)工程 專碩 +15 | 不知道叫什么！ 2026-03-15 | 17/850 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +3 | Yy7400 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3 | 藥學(xué)chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿985，本科211，0817化學(xué)工程與技術(shù)319求調(diào)劑 +5 | Liwangman 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +3 | mlpqaz03 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求老師收留調(diào)劑 +4 | jiang姜66 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +4 | 學(xué)海漂泊 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 341求調(diào)劑 +3 | 番茄頭--- 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +3 | Dizzy123@ 2026-03-10 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料與化工求調(diào)劑一志愿 985 總分 295 +8 | dream…… 2026-03-12 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 工科，求調(diào)劑 +3 | 我887 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 【0856】化學(xué)工程（085602）313 分，本科學(xué)科評(píng)估A類院校化學(xué)工程與工藝，誠求調(diào)劑 +7 | 小劉快快上岸 2026-03-11 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +5 | 超級(jí)伊昂大王 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 328化工專碩求調(diào)劑 +4 | 。，。，。，。i 2026-03-12 | 4/200 |
|