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厚德求是木蟲 (著名寫手)
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[求助]
求助！蛋白質(zhì)同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么辦？ 已有4人參與
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求助！ 現(xiàn)在課題的主要目的是通過理性設(shè)計(jì)來提高酶蛋白的熱穩(wěn)定性，主要的方法是定點(diǎn)突變酶非保守序列上的氨基酸來增加氫鍵，鹽橋（或者二硫鍵）等。 因?yàn)槲业哪０宓鞍资菦]有已知三維結(jié)構(gòu)的，所以需要用同源建模的方法來模擬出我的蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)，預(yù)測(cè)保守序列（活性中心）并避開它們?cè)谄渌胤阶鐾蛔�，再利用�?jì)算機(jī)模擬突變的結(jié)果，選擇能夠突變的氨基酸，再進(jìn)行試驗(yàn)驗(yàn)證。 我目前用來建模的軟件是DS里面的同源建模板塊，有文獻(xiàn)報(bào)道過對(duì)我這個(gè)酶進(jìn)行同源建模，用的是Swiss......我覺得這些人報(bào)道的不見得可信，因此我想自己建模看看。 現(xiàn)在的問題是，通過DS模板搜索版塊得到的模板（30%相似性，但此模板和文獻(xiàn)報(bào)道中用過的一樣）和我的酶不是同工酶！用這個(gè)模板做的模型結(jié)果里面的蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)改變了，少了17個(gè)氨基酸，而且氨基酸排列順序也變了！這樣就沒法做結(jié)構(gòu)評(píng)價(jià)了！更不要說模擬突變其他位點(diǎn)了，而且模擬出來的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圓形，所以我猜用現(xiàn)在這樣的方法是沒法做出來了。 所以，我想要保證蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)不變，要用什么方法繼續(xù)建模？求助  |
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9樓2014-03-27 23:42:59
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月只藍(lán): 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-03-28 20:42:42
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2樓2014-03-26 21:33:28
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3樓2014-03-27 16:11:59
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4樓2014-03-27 16:16:56
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