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【求助】modeller同源建模結(jié)果選擇
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我利用modeller同源建模，得到了5個(gè)結(jié)構(gòu)模型，想請(qǐng)教一下大家，哪個(gè)結(jié)構(gòu)更好，還有就是用procheck檢驗(yàn)后，是不是還得能量最小化，都用什么軟件啊？非常感謝！ >> Summary of successfully produced models: Filename molpdf DOPE score GA341 score ---------------------------------------------------------------------- RhaR.B99990001.pdb 2885.53247 -59417.89063 1.00000 RhaR.B99990002.pdb 2908.28467 -59401.68750 1.00000 RhaR.B99990003.pdb 2893.82813 -59618.50000 1.00000 RhaR.B99990004.pdb 2853.86499 -59416.85938 1.00000 RhaR.B99990005.pdb 2910.96411 -59788.21875 1.00000 |
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ghcacj(金幣+3):謝謝 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金幣+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金幣+1): 2011-01-10 16:33:47
ghcacj(金幣+3):謝謝 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金幣+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金幣+1): 2011-01-10 16:33:47
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[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26: 我利用modeller同源建模，得到了5個(gè)結(jié)構(gòu)模型，想請(qǐng)教一下大家，哪個(gè)結(jié)構(gòu)更好，還有就是用procheck檢驗(yàn)后，是不是還得能量最小化，都用什么軟件��？非常感謝！ 沒有任何一種評(píng)分標(biāo)準(zhǔn)時(shí)完全可靠的，不過有一些經(jīng)驗(yàn)上的規(guī)則，一個(gè)好的模型GA341會(huì)接近1，越大越好，DOPE和MOLPDF越小越好，如果GA341小于0.6都是不好的模型。 能量最小化可以嘗試分子動(dòng)力學(xué)軟件，比如GROMACS,NAMD等等 |
2樓2011-01-08 09:23:00
3樓2011-01-08 22:22:47
4樓2011-01-08 22:25:00
5樓2011-01-10 16:34:16
6樓2011-04-13 09:22:38
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-04-13 15:53:32
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-04-13 15:53:32
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第一個(gè)是沒有經(jīng)過loop優(yōu)化的 第三個(gè)是經(jīng)過loop優(yōu)化的~BL那個(gè)是中間過程產(chǎn)生的, 你可以用ucla-doe的服務(wù)器進(jìn)行建模質(zhì)量的比較，看看哪個(gè)更合適，需要注意的是，loop優(yōu)化雖然得分可能更高，但是可能會(huì)改變結(jié)構(gòu)中的關(guān)鍵部分，需要你自己仔細(xì)查看。 |
7樓2011-04-13 09:32:26
8樓2011-04-13 09:55:50
9樓2012-09-02 18:31:50
10樓2012-09-02 20:57:09
11樓2012-09-11 09:48:32
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