tq-liu

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[交流] 【求助】modeller同源建模結(jié)果選擇

我利用modeller同源建模，得到了5個結(jié)構(gòu)模型，想請教一下大家，哪個結(jié)構(gòu)更好，還有就是用procheck檢驗后，是不是還得能量最小化，都用什么軟件啊？非常感謝！

>> Summary of successfully produced models:
Filename                         molpdf    DOPE score GA341 score
----------------------------------------------------------------------
RhaR.B99990001.pdb          2885.53247 -59417.89063       1.00000
RhaR.B99990002.pdb          2908.28467 -59401.68750       1.00000
RhaR.B99990003.pdb          2893.82813 -59618.50000       1.00000
RhaR.B99990004.pdb          2853.86499 -59416.85938       1.00000
RhaR.B99990005.pdb          2910.96411 -59788.21875       1.00000

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1樓 2011-01-07 18:13:26

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zh1987hs

專家顧問

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
ghcacj(金幣+5): 謝謝 2011-04-13 15:53:32

引用回帖:

Originally posted by 奮斗1s at 2011-04-13 09:22:38:
版主您好，我同源建模出現(xiàn)三種格式：
query.B99990002.pdb
query.BL00010002.pdb
query.IL00000002.pdb
請問這三種分別代表什么？我應(yīng)該用的是哪一個？

第一個是沒有經(jīng)過loop優(yōu)化的
第三個是經(jīng)過loop優(yōu)化的~BL那個是中間過程產(chǎn)生的,
你可以用ucla-doe的服務(wù)器進行建模質(zhì)量的比較，看看哪個更合適，需要注意的是，loop優(yōu)化雖然得分可能更高，但是可能會改變結(jié)構(gòu)中的關(guān)鍵部分，需要你自己仔細查看。

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7樓2011-04-13 09:32:26

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zh1987hs

版主

★ ★ ★
ghcacj(金幣+3):謝謝 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金幣+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金幣+1): 2011-01-10 16:33:47

[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26:
我利用modeller同源建模，得到了5個結(jié)構(gòu)模型，想請教一下大家，哪個結(jié)構(gòu)更好，還有就是用procheck檢驗后，是不是還得能量最小化，都用什么軟件��？非常感謝！

沒有任何一種評分標準時完全可靠的，不過有一些經(jīng)驗上的規(guī)則，一個好的模型GA341會接近1，越大越好，DOPE和MOLPDF越小越好，如果GA341小于0.6都是不好的模型。
能量最小化可以嘗試分子動力學(xué)軟件，比如GROMACS,NAMD等等

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2樓2011-01-08 09:23:00

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tq-liu

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帖子: 1045
在線: 179.7小時
蟲號: 755312

照你這么分析的話，我的這個模型結(jié)構(gòu)還可以，我可以直接進行分子對接嗎？我有篇文章前期實驗數(shù)據(jù)都很完全，只是后面想加點結(jié)構(gòu)上的分析，但是又不想再跑md了，直接用對接結(jié)果分析，能行不？

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3樓2011-01-08 22:22:47

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zh1987hs

實習(xí)版主

★ ★ ★
ghcacj(金幣+3): 謝謝 2011-04-13 15:53:22

引用回帖:

Originally posted by tq-liu at 2011-01-08 22:22:47:
照你這么分析的話，我的這個模型結(jié)構(gòu)還可以，我可以直接進行分子對接嗎？我有篇文章前期實驗數(shù)據(jù)都很完全，只是后面想加點結(jié)構(gòu)上的分析，但是又不想再跑md了，直接用對接結(jié)果分析，能行不？

在不是專門做模擬的期刊中經(jīng)常不用MD的，你可以用對接的結(jié)果定性的說明一些問題，但是，如果你的結(jié)構(gòu)在活性位點附近存在不好的接觸，會很影響你對接結(jié)果的準確性，慎重

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4樓2011-01-08 22:25:00

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