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厚德求是木蟲 (著名寫手)
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[求助]
求助！蛋白質(zhì)同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么辦？ 已有4人參與
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求助！ 現(xiàn)在課題的主要目的是通過理性設(shè)計來提高酶蛋白的熱穩(wěn)定性，主要的方法是定點突變酶非保守序列上的氨基酸來增加氫鍵，鹽橋（或者二硫鍵）等。 因為我的模板蛋白是沒有已知三維結(jié)構(gòu)的，所以需要用同源建模的方法來模擬出我的蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)，預(yù)測保守序列（活性中心）并避開它們在其他地方做突變，再利用計算機模擬突變的結(jié)果，選擇能夠突變的氨基酸，再進行試驗驗證。 我目前用來建模的軟件是DS里面的同源建模板塊，有文獻報道過對我這個酶進行同源建模，用的是Swiss......我覺得這些人報道的不見得可信，因此我想自己建�？纯�。 現(xiàn)在的問題是，通過DS模板搜索版塊得到的模板（30%相似性，但此模板和文獻報道中用過的一樣）和我的酶不是同工酶！用這個模板做的模型結(jié)果里面的蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)改變了，少了17個氨基酸，而且氨基酸排列順序也變了！這樣就沒法做結(jié)構(gòu)評價了！更不要說模擬突變其他位點了，而且模擬出來的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圓形，所以我猜用現(xiàn)在這樣的方法是沒法做出來了。 所以，我想要保證蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)不變，要用什么方法繼續(xù)建模？求助  |
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現(xiàn)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測，除了同源建模(同源性>30%)，還包括穿線法（Threading)(同源性%20-30%)和從頭預(yù)測（ab initio)(<150個aa).序列相似度30-50%，結(jié)構(gòu)準(zhǔn)確度>80%。預(yù)測錯誤主要集中在環(huán)狀區(qū)域。 序列相似度20-30%，結(jié)構(gòu)準(zhǔn)確度55%左右。網(wǎng)站 http://www.expasy.org/tools，自己看看吧。當(dāng)然還有NAMD法，根據(jù)能量最小而完全計算機建模。 |
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厚德求是6樓2014-03-27 16:55:33
【答案】應(yīng)助回帖
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看了一下你的描述 建議你還是使用swiss model進行同源建模 建模后蛋白質(zhì)一級序列缺失是比較正常的，只要同模板無法align的區(qū)域，又位于蛋白質(zhì)末端的話，都有可能無法出現(xiàn)在模板區(qū)域 至于氨基酸排列出問題，倒是沒有見過，如果你的DS設(shè)置正確的話，你還是換Swiss model來建模吧，用swiss model是不會導(dǎo)致氨基酸排列出問題的 此外，根據(jù)你說的實驗設(shè)計思路，你其實不一定非要進行同源建模。建模本來就是預(yù)測，你還要突變了之后根據(jù)建模的結(jié)果再進行預(yù)測，這樣實際上意義已經(jīng)不大了。 單純選擇非保守殘基的話，可以通過序列比對。你的蛋白是酶蛋白，還可以通過文獻確定其反應(yīng)機理(發(fā)揮作用的幾個關(guān)鍵氨基酸類型，比如酸性、堿性啦)，避開保守位點的這些殘基。 而且，也可以通過在N端添加特定序列提高酶蛋白的耐熱。 最后，如果你這個酶蛋白有耐熱的同工酶的話，做個序列比對是最有意義的。 |
10樓2014-03-28 09:07:29
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2樓2014-03-26 21:33:28
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4樓2014-03-27 16:16:56
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5樓2014-03-27 16:41:55
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7樓2014-03-27 20:02:28
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9樓2014-03-27 23:42:59
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