 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4104 | 回復: 12 | ||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
厚德求是木蟲 (著名寫手)
|
[求助]
求助！蛋白質(zhì)同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么辦？ 已有4人參與
|
|
|
求助！ 現(xiàn)在課題的主要目的是通過理性設計來提高酶蛋白的熱穩(wěn)定性，主要的方法是定點突變酶非保守序列上的氨基酸來增加氫鍵，鹽橋（或者二硫鍵）等。 因為我的模板蛋白是沒有已知三維結構的，所以需要用同源建模的方法來模擬出我的蛋白質(zhì)三級結構，預測保守序列（活性中心）并避開它們在其他地方做突變，再利用計算機模擬突變的結果，選擇能夠突變的氨基酸，再進行試驗驗證。 我目前用來建模的軟件是DS里面的同源建模板塊，有文獻報道過對我這個酶進行同源建模，用的是Swiss......我覺得這些人報道的不見得可信，因此我想自己建�？纯础� 現(xiàn)在的問題是，通過DS模板搜索版塊得到的模板（30%相似性，但此模板和文獻報道中用過的一樣）和我的酶不是同工酶！用這個模板做的模型結果里面的蛋白質(zhì)一級結構改變了，少了17個氨基酸，而且氨基酸排列順序也變了！這樣就沒法做結構評價了！更不要說模擬突變其他位點了，而且模擬出來的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圓形，所以我猜用現(xiàn)在這樣的方法是沒法做出來了。 所以，我想要保證蛋白質(zhì)一級結構不變，要用什么方法繼續(xù)建模？求助  |
回復此樓» 猜你喜歡
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有8人回復
-
環(huán)境領域全國重點實驗室招收博士1-2名
已經(jīng)有3人回復
-
材料專碩306英一數(shù)二
已經(jīng)有10人回復
-
301求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
一志愿天津大學化學工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
26博士申請
已經(jīng)有3人回復
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
311求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復
-
被我言中：新模板不強調(diào)格式了，假專家開始管格式了
已經(jīng)有4人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助有關蛋白同源性問題
已經(jīng)有3人回復
- 蛋白質(zhì)同源模建求助！
已經(jīng)有6人回復
- 同源建模時怎樣計算一致性和相似性
已經(jīng)有4人回復
- swiss-model 模建
已經(jīng)有4人回復
- 同源建模之----分別建模
已經(jīng)有7人回復
- 請問，兩條不同來源的DNA序列，相似度達到多少時，才可以判定為同源？
已經(jīng)有8人回復
- 同源建模需要準備哪些資料
已經(jīng)有5人回復
- 求助，已有PDB結構的DS同源建模步驟，謝謝
已經(jīng)有11人回復
- 同源建模，希望建的蛋白質(zhì)結構，N端和C端分別使用不同的蛋白模版，請教
已經(jīng)有11人回復
- 蛋白分子建模 小分子化合物畫圖 酶與配體的分子模擬
已經(jīng)有11人回復
- 蛋白質(zhì)高級結構預測
已經(jīng)有8人回復
- 請教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困難
已經(jīng)有3人回復
- 求助Discovery Studio 或其他蛋白質(zhì)建模軟件 軟件
已經(jīng)有7人回復
- 同源建模中Anolea是什么意思
已經(jīng)有8人回復
- 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的結果怎么分析
已經(jīng)有8人回復
- 求助蛋白質(zhì)氨基酸序列信號肽、導肽用在線軟件和ANTHEWIN預測后的數(shù)值該怎么進行判斷？
已經(jīng)有1人回復
- 【求助】從同源建模開始，一個完整的分子對接實驗需要多久？
已經(jīng)有7人回復
- 【討論】分子模擬還是同源建模
已經(jīng)有16人回復
- 【求助/交流】除了swiss-model還有別的預測基因蛋白三維結構的工具嗎？
已經(jīng)有8人回復
- 【求助】modeller同源建模結果選擇
已經(jīng)有10人回復
- 【求助】蛋白質(zhì)建模沒有同源模板怎么解決？
已經(jīng)有11人回復
- 生物信息學專題－生物版，醫(yī)學版和信息科學版共同創(chuàng)建
已經(jīng)有87人回復
厚德求是
木蟲 (著名寫手)
- 應助: 41 (小學生)
- 金幣: 2270.6
- 散金: 1050
- 紅花: 3
- 帖子: 1208
- 在線: 107.8小時
- 蟲號: 2418606
- 注冊: 2013-04-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結構與功能
3樓2014-03-27 16:11:59
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
厚德求是: 金幣+4, ★★★很有幫助, 感謝您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只藍: 金幣+3, 感謝指導！ 2014-03-28 20:42:42
感謝參與，應助指數(shù) +1
厚德求是: 金幣+4, ★★★很有幫助, 感謝您的回答 2014-03-28 11:41:33
月只藍: 金幣+3, 感謝指導！ 2014-03-28 20:42:42
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
2樓2014-03-26 21:33:28
厚德求是
木蟲 (著名寫手)
- 應助: 41 (小學生)
- 金幣: 2270.6
- 散金: 1050
- 紅花: 3
- 帖子: 1208
- 在線: 107.8小時
- 蟲號: 2418606
- 注冊: 2013-04-15
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結構與功能
4樓2014-03-27 16:16:56
|
本帖內(nèi)容被屏蔽 |
5樓2014-03-27 16:41:55
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +4 | knight344 2026-03-16 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +5 | 上岸的小葡 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 【0856】化學工程（085602）313 分，本科學科評估A類院�；瘜W工程與工藝，誠求調(diào)劑 +7 | 小劉快快上岸 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
[考研] 08工科 320總分 求調(diào)劑 +4 | 梨花珞晚風 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 271求調(diào)劑 +12 | 生如夏花… 2026-03-11 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 267一志愿南京工業(yè)大學0817化工求調(diào)劑 +6 | SUICHILD 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 藥學383 求調(diào)劑 +3 | 藥學chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 機械專碩325，尋找調(diào)劑院校 +3 | y9999 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 化學調(diào)劑0703 +8 | 啊我我的 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600調(diào)劑 +5 | 漾漾123sun 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程315分求調(diào)劑 +3 | yang_0104 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +4 | 威化餅07 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 復試調(diào)劑 +4 | z1z2z3879 2026-03-14 | 5/250 |
|
|
|
[基金申請]
有必要更換申報口嗎
 20+3
|
fannyamoy 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑（材料與化工327） +4 | 愛吃香菜啦 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +7 | 7712b 2026-03-13 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 球球古力 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 314求調(diào)劑 +7 | 無懈可擊的巨人 2026-03-12 | 7/350 |
|
|
|
[考博] 26讀博 +4 | Rui135246 2026-03-12 | 10/500 |
|