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厚德求是木蟲 (著名寫手)
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[求助]
求助！蛋白質(zhì)同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么辦？ 已有4人參與
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求助！ 現(xiàn)在課題的主要目的是通過理性設(shè)計來提高酶蛋白的熱穩(wěn)定性，主要的方法是定點突變酶非保守序列上的氨基酸來增加氫鍵，鹽橋（或者二硫鍵）等。 因為我的模板蛋白是沒有已知三維結(jié)構(gòu)的，所以需要用同源建模的方法來模擬出我的蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)，預(yù)測保守序列（活性中心）并避開它們在其他地方做突變，再利用計算機(jī)模擬突變的結(jié)果，選擇能夠突變的氨基酸，再進(jìn)行試驗驗證。 我目前用來建模的軟件是DS里面的同源建模板塊，有文獻(xiàn)報道過對我這個酶進(jìn)行同源建模，用的是Swiss......我覺得這些人報道的不見得可信，因此我想自己建�？纯础� 現(xiàn)在的問題是，通過DS模板搜索版塊得到的模板（30%相似性，但此模板和文獻(xiàn)報道中用過的一樣）和我的酶不是同工酶！用這個模板做的模型結(jié)果里面的蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)改變了，少了17個氨基酸，而且氨基酸排列順序也變了！這樣就沒法做結(jié)構(gòu)評價了！更不要說模擬突變其他位點了，而且模擬出來的活性中心也是很奇怪的梭型而不是圓形，所以我猜用現(xiàn)在這樣的方法是沒法做出來了。 所以，我想要保證蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)不變，要用什么方法繼續(xù)建模？求助  |
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木蟲 (著名寫手)
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4樓2014-03-27 16:16:56
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2樓2014-03-26 21:33:28
厚德求是
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3樓2014-03-27 16:11:59
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5樓2014-03-27 16:41:55
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