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haiyanqian木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
膜蛋白分子動(dòng)力學(xué)模擬體系的構(gòu)建
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| 本人想做跨膜蛋白的分子動(dòng)力學(xué)模擬,蛋白同源模建后嵌入磷脂雙分子層模型中,然后用Amber跑分子動(dòng)力學(xué)。我的跨膜蛋白屬于GPCR家族的,起初我是找了個(gè)rhodopsin加好膜和水的體系,我的蛋白跟rhodopsin的疊合后,將我的蛋白merge進(jìn)去,然后保留了原來(lái)的膜和水。現(xiàn)在有個(gè)問(wèn)題就是水層,因?yàn)閘oop區(qū)不一樣,所以水層保留rhodopsin的水層會(huì)不會(huì)有問(wèn)題?還有如果這種方法不行的話,怎樣對(duì)已經(jīng)加好的膜只加水層呢?急急急。!在線等,麻煩哪位大俠給指導(dǎo)一下,不甚感激~~~ |
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