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懶羊羊Q金蟲 (小有名氣)
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[求助]
discover模擬擴散行為 已有1人參與
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在用discover模擬物質(zhì)的擴散行為時,有沒有人知道擴散位移是怎樣得到的? 我說的不是均方位移(MSD),而是指隨著時間的變化,分子相對于原點的擴散位移。希望懂的人指點一二。 擴散位移圖.gif |
專家顧問 (正式寫手)
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專家經(jīng)驗: +49 |
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對于各向同性系統(tǒng),并且處于平衡態(tài),粒子相對于t=0起始點的平均位移為0.因為這時粒子的運動就是個隨機游走,隨機游走的平均位移為0,但MSD隨時間成正比。 如果你的系統(tǒng)不處于平衡態(tài),或者各向不同性,則情況很復(fù)雜。 說白了,這個問題就是求解系統(tǒng)的Fokker-Planck Equation,得到粒子在時間t處于x的概率P(x,t),然后算平均值就可以。對于各向同性下的自由擴散,P(x,t)是個中心在原點的高斯分布,所以平均位移為0,但MSD(方差)隨時間成正比。 |
金蟲 (小有名氣)
專家顧問 (正式寫手)
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專家經(jīng)驗: +49 |
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我前面講的可能有點問題,我的大致意思是在各向同性的平衡態(tài)中的自由擴散,如果粒子在t=0時坐標為x0,t=t1時坐標為x1,那么x1的平均值是等于x0的,但是(x1-x0)^2(也就是MSD)的平均值是與時間成正比的。 如果你的體系在某個方向上是非isotropic的,那么x1的平均值可能不等于x0的,但是(x1-x0)^2還是會隨時間增加的,直到粒子碰到了confinement(比如盒子的墻壁)為止。 所以你把MSD開方對時間作圖發(fā)現(xiàn)隨時間增加是正常的。而你貼的圖片里的鋸齒形圖形,大致的趨勢也是隨時間逐步增加的。至于你得到的MSD開方后的曲線不是鋸齒形的,是因為MSD是多條軌跡的平均,而你圖片中只給出了一條軌跡,對多條軌跡求平均后鋸齒形的噪音就會消除不少。 |
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