 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 915 | 回復(fù): 2 | ||
sdnuzll金蟲 (初入文壇)
|
[求助]
nwchem:task scf optimize 已有1人參與
|
|
各位大蝦，小妹最近剛開始學(xué)習(xí)nwchem，運行了examples里給的qmd中h2o-scf.nw改task為task scf optimize，出現(xiàn)了下面的錯誤 grad: scratch alloc failed 48333597 current input line : 41: task scf optimize ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ For more information see the NWChem manual at http://www.nwchem-sw.org/index.php/NWChem_Documentation For further details see manual section: Last System Error Message from Task 0:: Inappropriate ioctl for device 0:0:grad: scratch alloc failed:: 48333597 (rank:0 hostname:node1 pid:14826):ARMCI DASSERT fail. armci.c:ARMCI_Error():260 cond:0 0: ARMCI aborting 0 (0). 0: ARMCI aborting 0 (0). system error message: Invalid argument 有沒有人知道是什么錯誤，怎么改 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
086003食品工程求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠心求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
一志愿河北工業(yè)大學(xué)0817化工278分求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
081700 調(diào)劑 267分
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
請教下大家 2026年國家基金申請是雙盲審嗎？
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
276求調(diào)劑。有半年電池和半年高分子實習(xí)經(jīng)歷
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿南航材料專317分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- wien2k計算scf出現(xiàn)error: command ~/lapw1cpara -c lapw1.def failed
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 求助，編譯Nwchem 總一在一個地方出錯：DMatrix-mpi.F
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】error：SCF is confused
已經(jīng)有14人回復(fù)
2樓2014-08-16 11:22:34
sdnuzll
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1122.1
- 紅花: 1
- 帖子: 49
- 在線: 474.1小時
- 蟲號: 2138594
- 注冊: 2012-11-20
- 性別: MM
- 專業(yè): 生化分析及生物傳感
|
使用nwchem困難多多，能幫我看下這個問題嗎？ 用qm/mm做動力學(xué)，輸出文件由開始的 atom coordinates gradient x y z x y z 1 Li 0.000000 0.000000 18.636124 0.005466 0.000949 -0.007030 2 O 2.342822 -1.771483 -15.354033 0.011121 -0.009646 0.005947 3 H 1.106456 -0.444499 -14.740569 -0.013872 0.022380 0.002479 4 H 1.952188 -3.312149 -14.464895 -0.002526 -0.004838 -0.006080 5 O -0.612316 1.825524 -14.037520 0.003461 -0.014901 -0.006541 6 H -0.507252 2.727578 -12.408485 0.003863 0.007021 0.010092 7 H -2.345699 1.933562 -14.591228 0.000798 -0.001067 -0.000851 8 O -0.164542 4.313244 -9.592731 -0.008626 -0.003181 -0.005363 9 H -0.810780 3.755016 -7.981168 0.004446 -0.002104 0.000130 10 H 0.000000 6.125855 -9.465091 0.005700 0.002564 0.000586 變成 atom coordinates gradient x y z x y z 1 Li -1.122517 -0.472775 139.919967 -0.000004 -0.000032 0.000002 2 O 16.759796 -13.363799 ********** 0.004713 -0.003958 0.012128 3 H 16.042379 -11.805762 ********** -0.004820 0.008183 -0.007343 4 H 17.139576 -13.055927 ********** 0.000107 -0.004228 -0.004784 5 O -5.176383 14.046525 ********** -0.015292 -0.001156 -0.007835 6 H -5.130719 15.343895 ********** 0.002457 0.003242 0.004273 7 H -6.835613 14.076591 ********** 0.012833 -0.002084 0.003563 8 O -1.471080 32.603361 -70.743400 -0.003689 0.001025 0.000028 9 H -3.132862 32.317488 -70.059433 0.002053 -0.001000 0.000386 10 H -1.656437 33.959569 -71.946970 0.001637 -0.000025 -0.000414 nw"如下： start Li-3w memory 1 gb permanent_dir /tmp/perm scratch_dir /tmp/data print medium ECHO charge 1 prepare source Li-3w.pdb new_top new_seq new_rst modify segment 1 quantum modify segment 2 quantum modify segment 3 quantum modify segment 4 quantum center orient solvate box 3.0 update lists ignore write Li-3w_qmmm.pdb write Li-3w_qmmm.rst end task prepare md system Li-3w_qmmm step 0.001 equil 20000 data 10000 cutoff 0.9 isotherm isobar print step 10 stat 100 print step 10 stat 100 update pairs 10 record rest 100 record prop 100 sync 10 times 0 record coord 100 profile load pairs 10 size 0.75 test 10 end basis Li library aug-cc-pvdz O library aug-cc-pvdz H library aug-cc-pvdz end dft xc b3lyp mult 1 direct iterations 600 print medium end qmmm bq_zone 15.0 region qm solvent maxiter 25 300 ncycles 50 density espfit xyz foo link_atoms hydrogen end task qmmm dft energy task qmmm dft dynamics 初始結(jié)構(gòu)和基組都改過，但不起作用。到底是什么原因？求指導(dǎo)�。�！ |
3樓2014-09-02 16:44:31
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 sdnuzll 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[基金申請] 請教下大家 2026年國家基金申請是雙盲審嗎？ +3 | lishucheng1 2026-03-22 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 303求調(diào)劑 +4 | 元夕元 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 298求調(diào)劑 +8 | 上岸6666@ 2026-03-20 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 280分求調(diào)劑 一志愿085802 +4 | PUMPT 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +8 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 269專碩求調(diào)劑 +6 | 金恩貝 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑 +5 | vv迷 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | 來好運來來來 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +10 | Faune 2026-03-21 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +11 | 戲精丹丹丹 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 313求調(diào)劑 +4 | 肆叁貳壹22 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 南昌大學(xué)材料專碩311分求調(diào)劑 +6 | 77chaselx 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境專碩，總分308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | eation27 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085410人工智能專碩317求調(diào)劑（0854都可以） +4 | xbxudjdn 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5 | 1孫悟空 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 18889395102 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩調(diào)劑 +5 | 204818@lcx 2026-03-17 | 6/300 |
|