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sdnuzll金蟲 (初入文壇)
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[求助]
nwchem:task scf optimize 已有1人參與
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各位大蝦，小妹最近剛開始學(xué)習(xí)nwchem，運(yùn)行了examples里給的qmd中h2o-scf.nw改task為task scf optimize，出現(xiàn)了下面的錯誤 grad: scratch alloc failed 48333597 current input line : 41: task scf optimize ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ For more information see the NWChem manual at http://www.nwchem-sw.org/index.php/NWChem_Documentation For further details see manual section: Last System Error Message from Task 0:: Inappropriate ioctl for device 0:0:grad: scratch alloc failed:: 48333597 (rank:0 hostname:node1 pid:14826):ARMCI DASSERT fail. armci.c:ARMCI_Error():260 cond:0 0: ARMCI aborting 0 (0). 0: ARMCI aborting 0 (0). system error message: Invalid argument 有沒有人知道是什么錯誤，怎么改 |
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2樓2014-08-16 11:22:34
sdnuzll
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1122.1
- 紅花: 1
- 帖子: 49
- 在線: 474.1小時
- 蟲號: 2138594
- 注冊: 2012-11-20
- 性別: MM
- 專業(yè): 生化分析及生物傳感
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使用nwchem困難多多，能幫我看下這個問題嗎？ 用qm/mm做動力學(xué)，輸出文件由開始的 atom coordinates gradient x y z x y z 1 Li 0.000000 0.000000 18.636124 0.005466 0.000949 -0.007030 2 O 2.342822 -1.771483 -15.354033 0.011121 -0.009646 0.005947 3 H 1.106456 -0.444499 -14.740569 -0.013872 0.022380 0.002479 4 H 1.952188 -3.312149 -14.464895 -0.002526 -0.004838 -0.006080 5 O -0.612316 1.825524 -14.037520 0.003461 -0.014901 -0.006541 6 H -0.507252 2.727578 -12.408485 0.003863 0.007021 0.010092 7 H -2.345699 1.933562 -14.591228 0.000798 -0.001067 -0.000851 8 O -0.164542 4.313244 -9.592731 -0.008626 -0.003181 -0.005363 9 H -0.810780 3.755016 -7.981168 0.004446 -0.002104 0.000130 10 H 0.000000 6.125855 -9.465091 0.005700 0.002564 0.000586 變成 atom coordinates gradient x y z x y z 1 Li -1.122517 -0.472775 139.919967 -0.000004 -0.000032 0.000002 2 O 16.759796 -13.363799 ********** 0.004713 -0.003958 0.012128 3 H 16.042379 -11.805762 ********** -0.004820 0.008183 -0.007343 4 H 17.139576 -13.055927 ********** 0.000107 -0.004228 -0.004784 5 O -5.176383 14.046525 ********** -0.015292 -0.001156 -0.007835 6 H -5.130719 15.343895 ********** 0.002457 0.003242 0.004273 7 H -6.835613 14.076591 ********** 0.012833 -0.002084 0.003563 8 O -1.471080 32.603361 -70.743400 -0.003689 0.001025 0.000028 9 H -3.132862 32.317488 -70.059433 0.002053 -0.001000 0.000386 10 H -1.656437 33.959569 -71.946970 0.001637 -0.000025 -0.000414 nw"如下： start Li-3w memory 1 gb permanent_dir /tmp/perm scratch_dir /tmp/data print medium ECHO charge 1 prepare source Li-3w.pdb new_top new_seq new_rst modify segment 1 quantum modify segment 2 quantum modify segment 3 quantum modify segment 4 quantum center orient solvate box 3.0 update lists ignore write Li-3w_qmmm.pdb write Li-3w_qmmm.rst end task prepare md system Li-3w_qmmm step 0.001 equil 20000 data 10000 cutoff 0.9 isotherm isobar print step 10 stat 100 print step 10 stat 100 update pairs 10 record rest 100 record prop 100 sync 10 times 0 record coord 100 profile load pairs 10 size 0.75 test 10 end basis Li library aug-cc-pvdz O library aug-cc-pvdz H library aug-cc-pvdz end dft xc b3lyp mult 1 direct iterations 600 print medium end qmmm bq_zone 15.0 region qm solvent maxiter 25 300 ncycles 50 density espfit xyz foo link_atoms hydrogen end task qmmm dft energy task qmmm dft dynamics 初始結(jié)構(gòu)和基組都改過，但不起作用。到底是什么原因？求指導(dǎo)�。。� |
3樓2014-09-02 16:44:31
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