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sdnuzll

金蟲 (初入文壇)

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[求助] nwchem:task scf optimize 已有1人參與

各位大蝦，小妹最近剛開始學習nwchem，運行了examples里給的qmd中h2o-scf.nw改task為task scf optimize，出現(xiàn)了下面的錯誤
grad: scratch alloc failed 48333597
current input line :
41: task scf optimize
------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------
For more information see the NWChem manual at http://www.nwchem-sw.org/index.php/NWChem_Documentation

For further details see manual section:
Last System Error Message from Task 0:: Inappropriate ioctl for device
0:0:grad: scratch alloc failed:: 48333597
(rank:0 hostname:node1 pid:14826):ARMCI DASSERT fail. armci.c:ARMCI_Error():260 cond:0
  0: ARMCI aborting 0 (0).
  0: ARMCI aborting 0 (0).
system error message: Invalid argument
有沒有人知道是什么錯誤，怎么改

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求助，編譯Nwchem 總一在一個地方出錯：DMatrix-mpi.F 已經(jīng)有6人回復
【求助】error：SCF is confused 已經(jīng)有14人回復

1樓 2014-07-03 20:16:50

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金蟲 (初入文壇)

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引用回帖:

2樓: Originally posted by carbonNT at 2014-08-16 09:22:34
找到答案了嗎？如果沒有，請?zhí)峁?nw文件。我可看一下。

使用nwchem困難多多，能幫我看下這個問題嗎？
用qm/mm做動力學，輸出文件由開始的

atom             coordinates                      gradient
               x       y       z          x       y       z
1 Li    0.000000 0.000000  18.636124 0.005466 0.000949  -0.007030
2 O    2.342822  -1.771483 -15.354033 0.011121  -0.009646 0.005947
3 H    1.106456  -0.444499 -14.740569 -0.013872 0.022380 0.002479
4 H    1.952188  -3.312149 -14.464895 -0.002526  -0.004838  -0.006080
5 O    -0.612316 1.825524 -14.037520 0.003461  -0.014901  -0.006541
6 H    -0.507252 2.727578 -12.408485 0.003863 0.007021 0.010092
7 H    -2.345699 1.933562 -14.591228 0.000798  -0.001067  -0.000851
8 O    -0.164542 4.313244  -9.592731 -0.008626  -0.003181  -0.005363
9 H    -0.810780 3.755016  -7.981168 0.004446  -0.002104 0.000130
  10 H    0.000000 6.125855  -9.465091 0.005700 0.002564 0.000586

變成
atom             coordinates                      gradient
               x       y       z          x       y       z
1 Li    -1.122517  -0.472775 139.919967 -0.000004  -0.000032 0.000002
2 O    16.759796 -13.363799 ********** 0.004713  -0.003958 0.012128
3 H    16.042379 -11.805762 ********** -0.004820 0.008183  -0.007343
4 H    17.139576 -13.055927 ********** 0.000107  -0.004228  -0.004784
5 O    -5.176383  14.046525 ********** -0.015292  -0.001156  -0.007835
6 H    -5.130719  15.343895 ********** 0.002457 0.003242 0.004273
7 H    -6.835613  14.076591 ********** 0.012833  -0.002084 0.003563
8 O    -1.471080  32.603361 -70.743400 -0.003689 0.001025 0.000028
9 H    -3.132862  32.317488 -70.059433 0.002053  -0.001000 0.000386
  10 H    -1.656437  33.959569 -71.946970 0.001637  -0.000025  -0.000414

nw"如下：
start Li-3w
  memory 1 gb
  permanent_dir /tmp/perm
  scratch_dir /tmp/data
  print medium
  ECHO

  charge 1
  prepare
  source Li-3w.pdb
  new_top new_seq
  new_rst
  modify segment 1  quantum
  modify segment 2  quantum
  modify segment 3  quantum
  modify segment 4  quantum
  center
  orient
  solvate box 3.0
  update lists
  ignore
  write Li-3w_qmmm.pdb
  write Li-3w_qmmm.rst
  end
  task prepare

  md
system Li-3w_qmmm
step 0.001 equil 20000 data 10000
cutoff 0.9
isotherm
isobar
print step 10 stat 100
print step 10 stat 100

update pairs 10
record rest 100
record prop 100 sync 10 times 0
record coord 100
profile
load pairs 10 size 0.75
test 10
  end

  basis
Li library aug-cc-pvdz
O  library aug-cc-pvdz
H  library aug-cc-pvdz
end
dft
xc b3lyp
mult 1
direct
iterations 600
print medium
  end

  qmmm
bq_zone  15.0
region qm solvent
maxiter 25 300
ncycles 50
density espfit
xyz foo
link_atoms hydrogen
  end

  task qmmm dft energy
  task qmmm dft dynamics

初始結構和基組都改過，但不起作用。到底是什么原因？求指導�。�！

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3樓2014-09-02 16:44:31

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carbonNT

新蟲 (初入文壇)

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【答案】應助回帖

★ ★
sdnuzll: 金幣+2 2014-08-25 12:47:10

找到答案了嗎？如果沒有，請?zhí)峁?nw文件。我可看一下。

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2樓2014-08-16 11:22:34

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