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IMichaelhan木蟲 (小有名氣)
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[求助]
求大俠幫忙關(guān)于引物設(shè)計(jì)的 已有1人參與
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下面兩個(gè)引物是我設(shè)計(jì)的，我要擴(kuò)的是5K左右的產(chǎn)物，這種長(zhǎng)的產(chǎn)物不好擴(kuò)增，已經(jīng)跑了6對(duì)引物了，結(jié)果不是一片模糊就是特異性不強(qiáng)。對(duì)于我一個(gè)初學(xué)者來說這是最艱難的了，好歹也讓我做出來一個(gè)再給我出難題吧。圖1是我設(shè)計(jì)的，按照說明一步一步來的，結(jié)果hairpin, dimer, false primer, cross dimer這四種情況在結(jié)果中都有，圖1就是我挑出來的最后的情況了，但是dimer的△G=-4.9，好像△G的絕對(duì)值不能超過4.5的，我也不知道那個(gè)影響有多大。圖2是我把引物長(zhǎng)度改變后，又選擇的是automatic，然后出來最理想情況，但是師姐們說的一般都選擇的是manual，我也不知道automatic和manual的影響有多大，還有引物長(zhǎng)度是都選擇22加減2的范圍嗎？ 希望大俠能回答的以下一些困擾我已久的問題： 1、hairpin, dimer, false primer, cross dimer如果不可避免怎么辦？△G值不能超過多少？ 2、設(shè)計(jì)引物時(shí)是選擇automatic還是manual，選擇不同有什么影響？ 3、擴(kuò)5K、10K產(chǎn)物引物長(zhǎng)度設(shè)在多少合適？ 4、我還能不能做出來？ 360截圖20140706203938062.jpg 2.jpg |
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匿名
木蟲 (小有名氣)
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2樓2014-07-06 21:57:04
IMichaelhan
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