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醫(yī)無止境

木蟲 (正式寫手)

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[求助] 勢能面掃描固定部分坐標優(yōu)化

沒做個大分子的勢能面掃描。再進嘗試使用oniom掃描大分子的反應勢能面，由于分子比較大，在掃描的每一步都需要固定一些自由度優(yōu)化另一些自由度�？吹絞aussian說明書寫著可以使用Variables和Constants分別選取所需要的自由度。嘗試了一下，在gaussian讀取輸入文件的時候就錯了，不知道該怎么辦，麻煩大神幫一下。
輸入文件如下：

%nprocshared=16
%mem=10GB
%chk=dock_mold.chk
#p opt=modredundant  oniom(cam-b3lyp/6-31g(d):am1) scf=(maxcycle=500,xqc,symm)

Title Card Required

0 2 0 2 0 2
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N                35          B37 34          A36 33          D35 0 L
C                38          B38 35          A37 34          D36 0 L
C                39          B39 38          A38 35          D37 0 L
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C                42          B42 39          A41 38          D40 0 L
C                43          B43 42          A42 39          D41 0 L
O                44          B44 43          A43 42          D42 0 L
。。。。。。

H             118       B275 79       A274 78       D273 0 H
H             118       B276 79       A275 78       D274 0 H
H             118       B277 79       A276 78       D275 0 H
O             120       B278  119       A277  118       D276 0 H
C             114       B279 66       A278 65       D277 0 H
H             280       B280  114       A279 66       D278 0 H
H                92       B281 90       A280 91       D279 0 H
H             280       B282  114       A281 66       D280 0 H
O             114       B283 66       A282 65       D281 0 H
H             116       B284  115       A283  114       D282 0 H

Variables:

B58          6.35170893
B59          1.45091605
B60          1.51755039
B61          1.25839984
B62          1.53097332
B63          1.51985147
B64          1.51667584
B65          1.23440326
B66          1.32838642
B82          5.52427527
B83          1.45415307
B84          1.53387424
B85          1.25840003
B86          1.53127367
B87          1.49722980
B88          1.37883398
B89          1.35361371
B90          1.32191928
B91          1.31983306
B113          3.12147833
。。。。。。

D277       121.47387150
D278       14.23579764
D279       59.41949639
D280       -100.54343835
D281       -114.62150212
D282       -4.35333110

  Constants:

X1          -3.81164200
X2          -4.50460200
B3          1.22836496
B4          1.36690610
B5          1.46124868
B6          1.53715055
B7          1.25839934
B8          1.53926445
B9          1.43324815
B10          1.52109877
B11          3.40052721
B12          1.45586643
B13          1.50808711
B14          1.25840009
B15          1.54277649
B16          1.42700324
B17          1.52058293
B18          5.21084096
B19          1.45336980
B20          1.52877859
B21          1.23810580
B22          1.52972764
。。。。。。

D265       -107.78595876
D266          3.67484089
D267       118.26808263
D268       -65.54407510
D269       -54.62799382

B281  4.42162975 s 35 -0.1

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1樓 2014-07-09 09:03:52

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槍下游魂

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【答案】應助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
醫(yī)無止境: 金幣+5, ★有幫助 2014-07-09 09:34:09

沒給出輸出文件，都不知道具體報什么錯讓人難以判斷啊。
從你的輸入文件來判斷，你要么按照scan的寫法來定義B281，要么用modredundant的標準寫法，即寫相關(guān)的兩個原子數(shù)來定義B281這個鍵長。
再好好看一下opt=modredundant的相關(guān)說明。

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2樓2014-07-09 09:27:07

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oinkmasta

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【答案】應助回帖

★
感謝參與，應助指數(shù) +1
醫(yī)無止境: 金幣+1, p指的是在輸出文件中打印出計算的過程，如scf迭代每一步的能量和能量差等。 2014-07-09 09:37:21

剛輸入就報錯應該是syntax error吧。能發(fā)一下報錯的link編號嗎？
opt前面那個p是做什么的？如果指的是部分優(yōu)化，應該是popt，當中沒有空格。
另外可以檢查空行的問題，雖然應該不是。

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16屆本科在北美

3樓2014-07-09 09:35:22

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4樓2014-07-09 09:35:46

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【答案】應助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
醫(yī)無止境: 金幣+14, 這個好像是scan的，我想在掃描的過程中對部分結(jié)構(gòu)進行優(yōu)化，是不是應該用modredundant，不知道最后一句怎么寫 2014-07-09 09:47:44

scan的例子：比如說你要scan 37號和58號的鍵長從3.00掃到1.55

B 37 58 S 30 -0.05 3.00就可以了�；蛘吣悴辉O(shè)定最大最小值也可以，比如 B 37 58 S 30 -0.05，高斯就從你的當前值開始算。

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16屆本科在北美

5樓2014-07-09 09:38:31

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報錯是在l101，讀取輸入文件的時候有錯

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6樓2014-07-09 09:38:42

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101就是syntax error了。也就是一是要調(diào)整scan的那一行，二是那個opt前面的p是干嘛的。。

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16屆本科在北美

7樓2014-07-09 09:42:17

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引用回帖:

7樓: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-09 09:42:17
101就是syntax error了。也就是一是要調(diào)整scan的那一行，二是那個opt前面的p是干嘛的。。

加上p就可以在輸出文件中出現(xiàn)計算的過程，把p去掉在輸出文件中就看不到了

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8樓2014-07-09 10:01:05

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醫(yī)無止境

木蟲 (正式寫手)

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在讀取最后一行的時候還是出錯。
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9樓2014-07-09 10:06:26

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oinkmasta

金蟲 (小有名氣)

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出現(xiàn)undefined symbol，難道是oniom在這一行之前還需要一個layer？我正在看gaussian的intro to oniom，以前從來沒有用過它。

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16屆本科在北美

10樓2014-07-09 10:28:53

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