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醫(yī)無(wú)止境兌換貴賓
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[求助]
勢(shì)能面掃描固定部分坐標(biāo)優(yōu)化
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沒做個(gè)大分子的勢(shì)能面掃描。再進(jìn)嘗試使用oniom掃描大分子的反應(yīng)勢(shì)能面，由于分子比較大，在掃描的每一步都需要固定一些自由度優(yōu)化另一些自由度。看到gaussian說(shuō)明書寫著可以使用Variables和Constants分別選取所需要的自由度。嘗試了一下，在gaussian讀取輸入文件的時(shí)候就錯(cuò)了，不知道該怎么辦，麻煩大神幫一下。 輸入文件如下： %nprocshared=16 %mem=10GB %chk=dock_mold.chk #p opt=modredundant oniom(cam-b3lyp/6-31g(d):am1) scf=(maxcycle=500,xqc,symm) Title Card Required 0 2 0 2 0 2 N 0 -4.70228100 0.36328800 4.93434900 L C 0 X1 0.65311800 3.82469700 L C 0 X2 Y1 2.78614000 L O 3 B3 2 A2 1 D1 0 L N 3 B4 2 A3 1 D2 0 L C 5 B5 3 A4 2 D3 0 L C 6 B6 5 A5 3 D4 0 L O 7 B7 6 A6 5 D5 0 L C 6 B8 5 A7 3 D6 0 L O 9 B9 6 A8 5 D7 0 L C 9 B10 6 A9 5 D8 0 L N 7 B11 6 A10 5 D9 0 L C 12 B12 7 A11 6 D10 0 L C 13 B13 12 A12 7 D11 0 L O 14 B14 13 A13 12 D12 0 L C 13 B15 12 A14 7 D13 0 L O 16 B16 13 A15 12 D14 0 L C 16 B17 13 A16 12 D15 0 L N 1 B18 2 A17 3 D16 0 L C 19 B19 1 A18 2 D17 0 L C 20 B20 19 A19 1 D18 0 L O 21 B21 20 A20 19 D19 0 L C 20 B22 19 A21 1 D20 0 L C 23 B23 20 A22 19 D21 0 L C 24 B24 23 A23 20 D22 0 L C 24 B25 23 A24 20 D23 0 L N 25 B26 24 A25 23 D24 0 L C 27 B27 25 A26 24 D25 0 L C 26 B28 24 A27 23 D26 0 L C 28 B29 27 A28 25 D27 0 L C 29 B30 26 A29 24 D28 0 L C 30 B31 28 A30 27 D29 0 L N 21 B32 20 A31 19 D30 0 L C 33 B33 21 A32 20 D31 0 L C 34 B34 33 A33 21 D32 0 L O 35 B35 34 A34 33 D33 0 L C 34 B36 33 A35 21 D34 0 L N 35 B37 34 A36 33 D35 0 L C 38 B38 35 A37 34 D36 0 L C 39 B39 38 A38 35 D37 0 L O 40 B40 39 A39 38 D38 0 L C 39 B41 38 A40 35 D39 0 L C 42 B42 39 A41 38 D40 0 L C 43 B43 42 A42 39 D41 0 L O 44 B44 43 A43 42 D42 0 L 。。。 。。。 H 118 B275 79 A274 78 D273 0 H H 118 B276 79 A275 78 D274 0 H H 118 B277 79 A276 78 D275 0 H O 120 B278 119 A277 118 D276 0 H C 114 B279 66 A278 65 D277 0 H H 280 B280 114 A279 66 D278 0 H H 92 B281 90 A280 91 D279 0 H H 280 B282 114 A281 66 D280 0 H O 114 B283 66 A282 65 D281 0 H H 116 B284 115 A283 114 D282 0 H Variables: B58 6.35170893 B59 1.45091605 B60 1.51755039 B61 1.25839984 B62 1.53097332 B63 1.51985147 B64 1.51667584 B65 1.23440326 B66 1.32838642 B82 5.52427527 B83 1.45415307 B84 1.53387424 B85 1.25840003 B86 1.53127367 B87 1.49722980 B88 1.37883398 B89 1.35361371 B90 1.32191928 B91 1.31983306 B113 3.12147833 。。。 。。。 D277 121.47387150 D278 14.23579764 D279 59.41949639 D280 -100.54343835 D281 -114.62150212 D282 -4.35333110 Constants: X1 -3.81164200 X2 -4.50460200 B3 1.22836496 B4 1.36690610 B5 1.46124868 B6 1.53715055 B7 1.25839934 B8 1.53926445 B9 1.43324815 B10 1.52109877 B11 3.40052721 B12 1.45586643 B13 1.50808711 B14 1.25840009 B15 1.54277649 B16 1.42700324 B17 1.52058293 B18 5.21084096 B19 1.45336980 B20 1.52877859 B21 1.23810580 B22 1.52972764 。。。。。。 D265 -107.78595876 D266 3.67484089 D267 118.26808263 D268 -65.54407510 D269 -54.62799382 B281 4.42162975 s 35 -0.1 |
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醫(yī)無(wú)止境: 金幣+5, ★有幫助 2014-07-09 09:34:09
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沒給出輸出文件，都不知道具體報(bào)什么錯(cuò)讓人難以判斷啊。 從你的輸入文件來(lái)判斷，你要么按照scan的寫法來(lái)定義B281，要么用modredundant的標(biāo)準(zhǔn)寫法，即寫相關(guān)的兩個(gè)原子數(shù)來(lái)定義B281這個(gè)鍵長(zhǎng)。 再好好看一下opt=modredundant的相關(guān)說(shuō)明。 |
2樓2014-07-09 09:27:07
oinkmasta
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醫(yī)無(wú)止境: 金幣+1, p指的是在輸出文件中打印出計(jì)算的過(guò)程，如scf迭代每一步的能量和能量差等。 2014-07-09 09:37:21
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醫(yī)無(wú)止境: 金幣+1, p指的是在輸出文件中打印出計(jì)算的過(guò)程，如scf迭代每一步的能量和能量差等。 2014-07-09 09:37:21
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剛輸入就報(bào)錯(cuò)應(yīng)該是syntax error吧。能發(fā)一下報(bào)錯(cuò)的link編號(hào)嗎？ opt前面那個(gè)p是做什么的？如果指的是部分優(yōu)化，應(yīng)該是popt，當(dāng)中沒有空格。 另外可以檢查空行的問(wèn)題，雖然應(yīng)該不是。 |
3樓2014-07-09 09:35:22
醫(yī)無(wú)止境
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4樓2014-07-09 09:35:46
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醫(yī)無(wú)止境: 金幣+14, 這個(gè)好像是scan的，我想在掃描的過(guò)程中對(duì)部分結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化，是不是應(yīng)該用modredundant，不知道最后一句怎么寫 2014-07-09 09:47:44
醫(yī)無(wú)止境: 金幣+14, 這個(gè)好像是scan的，我想在掃描的過(guò)程中對(duì)部分結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化，是不是應(yīng)該用modredundant，不知道最后一句怎么寫 2014-07-09 09:47:44
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scan的例子：比如說(shuō)你要scan 37號(hào)和58號(hào)的鍵長(zhǎng) 從3.00掃到1.55 B 37 58 S 30 -0.05 3.00就可以了�；蛘吣悴辉O(shè)定最大最小值也可以，比如 B 37 58 S 30 -0.05，高斯就從你的當(dāng)前值開始算。 |
5樓2014-07-09 09:38:31
醫(yī)無(wú)止境
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在讀取最后一行的時(shí)候還是出錯(cuò)。 Undefined symbol, bond length, card 58. Undefined symbol, angle alpha, card 58. Undefined symbol, angle beta, card 58. Undefined symbol, bond length, card 282. Error termination via Lnk1e in /home/zhuangxh/programs/g09/l101.exe at Wed Jul 9 10:36:03 2014. Job cpu time: 0 days 0 hours 5 minutes 30.2 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 42 Scr= 1 |
9樓2014-07-09 10:06:26
oinkmasta
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10樓2014-07-09 10:28:53
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