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小樓丁丁金蟲 (正式寫手)
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[求助]
這樣的高斯計(jì)算可否？ 已有2人參與
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小蟲是高斯計(jì)算的菜菜鳥，目前碰到一個(gè)問題，望各位大神給予解決。問題解決后金幣可加。 菜鳥目前想要購買幾種化合物�；衔锸菐в蠳和COOH的鹵代芳香化合物，故在不同pH條件下，分子的帶電量不一致。所以我想用高斯計(jì)算分別計(jì)算電量為，0，-1，+1條件下不同位置上C-X鍵的鍵能。然后用此指導(dǎo)購買化合物，不知可不可行？高斯計(jì)算所用的方法和基組參照文獻(xiàn)。分別進(jìn)行opt+Freq的計(jì)算。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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看起來不是很好操作，因?yàn)間aussian其實(shí)沒有鍵的概念。所以鍵能怎么算啊，先算整個(gè)分子再把C-X鍵和它們的距離都拆開嗎？那樣需要凍結(jié)拆開以后的C-X的距離，否則優(yōu)化又會(huì)把這個(gè)鍵連回去的。其次，Gaussian里的電荷只能分布在整個(gè)體系當(dāng)中（而不能指定多少電荷在哪個(gè)fragment上），所以拆開鍵后放在同一個(gè)輸入文件里的計(jì)算應(yīng)當(dāng)是不精確的。 可以試試看先算整個(gè)分子，然后斷鍵之后拆成兩個(gè)fragment分別計(jì)算，注意電荷守恒。 此外我不懂帶電量和鍵能如何指導(dǎo)購買這些化合物，用鍵能推斷穩(wěn)定性？ |
2樓2014-07-09 23:25:42
小樓丁丁
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3樓2014-07-10 12:12:22
4樓2014-07-10 12:19:41
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我想問的是這樣子可行嗎？ 5樓2014-07-10 13:58:46
【答案】應(yīng)助回帖
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小樓丁丁: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-07-11 19:34:47
小樓丁丁: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-07-11 19:34:47
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用Gaussian算 反應(yīng)物 和 各種過渡態(tài) 的能量進(jìn)行比較，看哪一種過渡態(tài)（也就是脫哪一個(gè)取代基）最容易達(dá)到，理論上可以。當(dāng)然這只考慮了動(dòng)力學(xué)角度，熱力學(xué)方面還需要算產(chǎn)物的能量。 上面方法的操作就是按charge＝0,＋1,－1分別執(zhí)行 1）opt各取代型的反應(yīng)物和產(chǎn)物 2）優(yōu)化出來的反應(yīng)物／產(chǎn)物一一配對(duì)做qst2或qst3 3）畫反應(yīng)能量圖來比較 工作量還是挺大的。 |
6樓2014-07-10 23:03:51
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7樓2014-07-10 23:57:00
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