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小樓丁丁金蟲 (正式寫手)
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[求助]
這樣的高斯計算可否？ 已有2人參與
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小蟲是高斯計算的菜菜鳥，目前碰到一個問題，望各位大神給予解決。問題解決后金幣可加。 菜鳥目前想要購買幾種化合物�；衔锸菐в蠳和COOH的鹵代芳香化合物，故在不同pH條件下，分子的帶電量不一致。所以我想用高斯計算分別計算電量為，0，-1，+1條件下不同位置上C-X鍵的鍵能。然后用此指導(dǎo)購買化合物，不知可不可行？高斯計算所用的方法和基組參照文獻(xiàn)。分別進(jìn)行opt+Freq的計算。 |
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4樓2014-07-10 12:19:41
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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看起來不是很好操作，因為gaussian其實沒有鍵的概念。所以鍵能怎么算啊，先算整個分子再把C-X鍵和它們的距離都拆開嗎？那樣需要凍結(jié)拆開以后的C-X的距離，否則優(yōu)化又會把這個鍵連回去的。其次，Gaussian里的電荷只能分布在整個體系當(dāng)中（而不能指定多少電荷在哪個fragment上），所以拆開鍵后放在同一個輸入文件里的計算應(yīng)當(dāng)是不精確的。 可以試試看先算整個分子，然后斷鍵之后拆成兩個fragment分別計算，注意電荷守恒。 此外我不懂帶電量和鍵能如何指導(dǎo)購買這些化合物，用鍵能推斷穩(wěn)定性？ |
2樓2014-07-09 23:25:42
小樓丁丁
金蟲 (正式寫手)
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3樓2014-07-10 12:12:22
小樓丁丁
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我想問的是這樣子可行嗎？ 5樓2014-07-10 13:58:46
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