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如何從判斷一個(gè)蛋白有無糖基化磷酸化，求助理論大牛 已有3人參與
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如何從判斷一個(gè)蛋白有無糖基化磷酸化，求助理論大牛： 1.能否從一個(gè)蛋白的功能或者來源上就判斷其是否有被N糖基化的可能 2.能否從一個(gè)蛋白的功能或者來源上就判斷其是否有被O糖基化的可能 3.能否從一個(gè)蛋白的功能或者來源上就判斷其是否有被磷酸化的可能 人們常說分泌蛋白來自高爾基體，O糖基化是在高爾基體進(jìn)行。但是當(dāng)我們拿到一個(gè)蛋白假如UNIPROT iD: Q8NHM5 .我們?cè)谥榔涔δ芎驮诩?xì)胞內(nèi)定位的前提下。怎么才能知道以上三條。 我需要將大量蛋白進(jìn)行分類。我期望能夠在前期直接判斷某個(gè)蛋白是否可能被修飾過。 多謝 |
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2樓2014-07-16 12:51:51
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請(qǐng)參見： 蛋白質(zhì)的共價(jià)修飾的測(cè)定的試驗(yàn)方法-----凌波麗個(gè)人總結(jié)（實(shí)例版） http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6454508 詳細(xì)內(nèi)容以后再討論。 我這個(gè)貼子也該再版了。 |
3樓2014-07-17 03:46:29
jurkat.1640
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4樓2014-07-17 17:04:16
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【答案】應(yīng)助回帖
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東湖渡者: 金幣+5, ★有幫助, 謝謝，我這些工具都會(huì)用，但是我現(xiàn)在工作性質(zhì)原因，要處理上千個(gè)這樣的蛋白。這些軟件或者工具的算法很經(jīng)典，但用這些工具進(jìn)行預(yù)測(cè)會(huì)錯(cuò)殺很多無修飾的殘基或者選擇了被修飾過的。 2014-07-21 21:29:01
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磷酸化和N糖基化有預(yù)測(cè)工具，應(yīng)該比較可信，其糖基化的位點(diǎn)好像ser，O 糖就復(fù)雜了，一般要進(jìn)行質(zhì)譜鑒定，可以用一些凝集素和抗體檢測(cè)，功能上不行吧，糖基化很廣泛，但這些糖蛋白的功能也不一樣，像GPI錨定蛋白好像也是可以預(yù)測(cè)的，但還是要用特定的酶去水解 [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
5樓2014-07-17 18:37:26
6樓2014-07-21 21:30:02
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