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擬南芥核基因編碼蛋白，定位于葉綠體。已知氨基酸序列，怎么找到前導(dǎo)肽？ 已有1人參與
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擬南芥數(shù)據(jù)庫，已知基因編號，里面有很多注釋，但是看不懂。 我想體外表達目的蛋白（核基因編碼，定位于葉綠體），應(yīng)該用cDNA序列作為模板？但是不知道哪里是起始密碼子，哪里是終止密碼子？ 氨基酸序列是否包含定位到葉綠體的前導(dǎo)肽？ 為什么氨基酸序列的長度與cDNA的核酸序列長度對不上？ 本人是做原核生物的，有很多問題不太清楚，請各位大俠幫助�。� |
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liuderong
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【答案】應(yīng)助回帖
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1.體外表達是沒有剪接機制的，要用CDS。 2.我估計你到擬南芥數(shù)據(jù)庫里下載的cDNA是和RNA對應(yīng)的序列，這種序列雖然沒有內(nèi)含子，但是有3‘和5’-UTR，所以長度和氨基酸長度對應(yīng)不上，你要從這段序列中找到CDS（氨基酸編碼序列）。 3.你可以到NCBI里，拿你的蛋白序列和cDNA序列做比對，用blastx，一下就出結(jié)果了�；蛘邚�3個位置翻譯你的cDNA，總有一個是對的，然后找出起始位點。再或者把基因編號貼出來，論壇里很多人都會找的。 4.網(wǎng)站提供的序列一般都是全長，從起始密碼到終止密碼子，里頭包含了前導(dǎo)肽。 |
2樓2014-07-17 09:24:14
3樓2014-07-17 16:23:07
liuderong
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gyesang: 金幣+2, 鼓勵回帖交流！ 2014-07-26 22:15:00
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CDS編碼成蛋白后是帶有前導(dǎo)肽的。如果要知道前導(dǎo)肽，最直接并且最有效的辦法就是看看其他人的研究，說不定有人做了相關(guān)的研究（照我的經(jīng)驗一般都不會有人做這類研究的，要運氣很好才能碰到）。大部分人都是利用網(wǎng)站上的一些工具預(yù)測前導(dǎo)肽，http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/和http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1都可以試試 |
4樓2014-07-17 20:47:31
5樓2014-07-17 21:31:38
liuderong
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6樓2014-07-18 08:48:50
7樓2014-07-18 21:36:58
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