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擬南芥核基因編碼蛋白，定位于葉綠體。已知氨基酸序列，怎么找到前導(dǎo)肽？ 已有1人參與
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擬南芥數(shù)據(jù)庫(kù)，已知基因編號(hào)，里面有很多注釋，但是看不懂。 我想體外表達(dá)目的蛋白（核基因編碼，定位于葉綠體），應(yīng)該用cDNA序列作為模板？但是不知道哪里是起始密碼子，哪里是終止密碼子？ 氨基酸序列是否包含定位到葉綠體的前導(dǎo)肽？ 為什么氨基酸序列的長(zhǎng)度與cDNA的核酸序列長(zhǎng)度對(duì)不上？ 本人是做原核生物的，有很多問(wèn)題不太清楚，請(qǐng)各位大俠幫助��！ |
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 蛋白質(zhì)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) | 核酸生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) | 生物信息學(xué) |
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liuderong
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CDS編碼成蛋白后是帶有前導(dǎo)肽的。如果要知道前導(dǎo)肽，最直接并且最有效的辦法就是看看其他人的研究，說(shuō)不定有人做了相關(guān)的研究（照我的經(jīng)驗(yàn)一般都不會(huì)有人做這類研究的，要運(yùn)氣很好才能碰到）。大部分人都是利用網(wǎng)站上的一些工具預(yù)測(cè)前導(dǎo)肽，http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/和http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1都可以試試 |
4樓2014-07-17 20:47:31
liuderong
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shuihaizi: 金幣+20, ★★★很有幫助 2014-07-17 16:20:27
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1.體外表達(dá)是沒(méi)有剪接機(jī)制的，要用CDS。 2.我估計(jì)你到擬南芥數(shù)據(jù)庫(kù)里下載的cDNA是和RNA對(duì)應(yīng)的序列，這種序列雖然沒(méi)有內(nèi)含子，但是有3‘和5’-UTR，所以長(zhǎng)度和氨基酸長(zhǎng)度對(duì)應(yīng)不上，你要從這段序列中找到CDS（氨基酸編碼序列）。 3.你可以到NCBI里，拿你的蛋白序列和cDNA序列做比對(duì)，用blastx，一下就出結(jié)果了。或者從3個(gè)位置翻譯你的cDNA，總有一個(gè)是對(duì)的，然后找出起始位點(diǎn)。再或者把基因編號(hào)貼出來(lái)，論壇里很多人都會(huì)找的。 4.網(wǎng)站提供的序列一般都是全長(zhǎng)，從起始密碼到終止密碼子，里頭包含了前導(dǎo)肽。 |
2樓2014-07-17 09:24:14
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5樓2014-07-17 21:31:38
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