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gromacs中加入離子的個數(shù)計算問題 已有1人參與
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在gromacs軟件運行過程中，對于離子的加入，個數(shù)是如何計算的？ 我看到《水中的溶菌酶》教程中說“pdb2gmx 的輸出文件告訴我們這個蛋白質(zhì)包含+8e 的靜電荷(由于它的氨基酸組成)。如果你忽略了pdb2gmx 輸出文件的這個信息，可以看看你的 topol.top 文件中的最后一行，它將顯示“qtot 8.”. 因為生命中不存在靜電荷，所以我們需要往我們的系統(tǒng)里面添加離子。”而在《Gromacs初學(xué)者寫給初學(xué)者的心得，歡迎大家交流，指正》（http://dxli75.blog.163.com/blog/static/1067682892008719535025/）中看到“下面是加入離子的個數(shù)，一般我們要求NaCl是0.1m/l，就是說600個水分子加Na+ Cl-各一個。好，上面記錄的水分子個數(shù)有用了，計算一下需要多少，如果有困難，可以問小學(xué)生”。 因此，我想問一下，這個添加的離子個數(shù)依據(jù)是什么？個數(shù)的多少是如何計算的？ 在此謝謝大家 |
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