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[資源]
分子對(duì)接軟件Ledock基礎(chǔ)教程
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Ledock是最近開發(fā)的一個(gè)分子對(duì)接軟件，簡(jiǎn)單易用。 另外，盒子位置的確定，我們也可以用pymol來做，對(duì)帖子http://bioms.org/thread-1226-1-1.html做了更新 |
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2014-07-25 19:02:13, 2.11 M
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 分子對(duì)接 |
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4樓2014-07-28 07:40:02
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2樓2014-07-26 21:30:13
3樓2014-07-26 22:33:26
5樓2014-07-29 03:26:03
6樓2014-07-30 07:00:29
7樓2014-07-30 16:16:50
8樓2014-08-02 01:02:51
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方便的話，能否告知一下PDB code，我這邊看看是什么問題，有沒有好的解決方法。小分子配體在蛋白中的結(jié)合構(gòu)象是否合理不單只跟分辨率有關(guān)，跟解結(jié)構(gòu)的化學(xué)基礎(chǔ)也有很大關(guān)系，不少高分辨率結(jié)構(gòu)中的配體是不合理的，參見最近acs med chem lett上的一篇viewpoint。 LeDock整體上而言可以獲得90%以上的對(duì)接準(zhǔn)確率（在多個(gè)測(cè)試集上測(cè)試過），還有5-10%對(duì)接結(jié)果不理想，主要是跟desolvation有關(guān)，這個(gè)也是現(xiàn)在分子對(duì)接軟件的通病，以后會(huì)改進(jìn)的。 如果是金屬酶對(duì)接的話，最好把金屬加上。某些情況下因?yàn)閐esolvation做的還不理想，保留幾個(gè)水分子做對(duì)接也會(huì)大大改善對(duì)接結(jié)果，譬如bromodomain的配體對(duì)接。謝謝。 |
9樓2014-08-02 01:10:50
12樓2014-08-24 15:20:01
16樓2014-09-29 17:03:59
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42樓2016-12-02 09:57:54
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yangchaoc11樓
2014-08-24 13:32
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王茹茹50樓
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