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[資源]
分子對接軟件Ledock基礎(chǔ)教程
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Ledock是最近開發(fā)的一個分子對接軟件，簡單易用。 另外，盒子位置的確定，我們也可以用pymol來做，對帖子http://bioms.org/thread-1226-1-1.html做了更新 |
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2014-07-25 19:02:13, 2.11 M
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 分子對接 |
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方便的話，能否告知一下PDB code，我這邊看看是什么問題，有沒有好的解決方法。小分子配體在蛋白中的結(jié)合構(gòu)象是否合理不單只跟分辨率有關(guān)，跟解結(jié)構(gòu)的化學(xué)基礎(chǔ)也有很大關(guān)系，不少高分辨率結(jié)構(gòu)中的配體是不合理的，參見最近acs med chem lett上的一篇viewpoint。 LeDock整體上而言可以獲得90%以上的對接準確率（在多個測試集上測試過），還有5-10%對接結(jié)果不理想，主要是跟desolvation有關(guān)，這個也是現(xiàn)在分子對接軟件的通病，以后會改進的。 如果是金屬酶對接的話，最好把金屬加上。某些情況下因為desolvation做的還不理想，保留幾個水分子做對接也會大大改善對接結(jié)果，譬如bromodomain的配體對接。謝謝。 |
9樓2014-08-02 01:10:50
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2樓2014-07-26 21:30:13
3樓2014-07-26 22:33:26
4樓2014-07-28 07:40:02
簡單回復(fù)
lksyb10樓
2014-08-22 11:14
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yangchaoc11樓
2014-08-24 13:32
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壞貓懶懶13樓
2014-09-17 20:20
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buddykongs14樓
2014-09-22 11:59
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