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justik金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
同源模建求助！ 已有2人參與
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| 小弟用easymodeller做蛋白同源模建，目的蛋白是一個(gè)酶，目前已經(jīng)找到一個(gè)具有晶體結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)模板，其活性中心和催化機(jī)理與目的蛋白一樣，但是問(wèn)題是，三級(jí)結(jié)構(gòu)相似，但一級(jí)結(jié)構(gòu)的相似度只有29%。用easymodeller對(duì)其建模，在同源比對(duì)時(shí)，活性中心的幾個(gè)殘基不能識(shí)別為同源，請(qǐng)問(wèn)有辦法解決這個(gè)問(wèn)題嗎？小弟初學(xué)，大神見(jiàn)笑了~ |
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justik
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3樓2014-07-26 21:35:43
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【答案】應(yīng)助回帖
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justik(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流！ 2014-07-30 16:45:51
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把序列用遞交到ncbi的blastp上，選擇delta-blast（(Domain Enhanced Lookup Time Accelerated BLAST)），遞交序列是用fasta格式： >test acdefgh.......你的序列 選擇pdb數(shù)據(jù)庫(kù)�？纯碽lastp的結(jié)果中催化中心的氨基酸是否在比對(duì)結(jié)果中匹配。如果匹配，可以將比對(duì)結(jié)果導(dǎo)入modeller進(jìn)行模擬。 |
2樓2014-07-26 19:37:48
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4樓2014-07-26 21:59:40
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5樓2014-07-28 12:57:39
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