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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 專家會診 » 同源模建求助！
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justik金蟲 (小有名氣)
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[求助]
同源模建求助！ 已有2人參與
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| 小弟用easymodeller做蛋白同源模建，目的蛋白是一個酶，目前已經(jīng)找到一個具有晶體結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)模板，其活性中心和催化機(jī)理與目的蛋白一樣，但是問題是，三級結(jié)構(gòu)相似，但一級結(jié)構(gòu)的相似度只有29%。用easymodeller對其建模，在同源比對時，活性中心的幾個殘基不能識別為同源，請問有辦法解決這個問題嗎？小弟初學(xué)，大神見笑了~ |
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polypro
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5樓2014-07-28 12:57:39
earth
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
justik(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:45:51
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把序列用遞交到ncbi的blastp上，選擇delta-blast（(Domain Enhanced Lookup Time Accelerated BLAST)），遞交序列是用fasta格式： >test acdefgh.......你的序列 選擇pdb數(shù)據(jù)庫�？纯碽lastp的結(jié)果中催化中心的氨基酸是否在比對結(jié)果中匹配。如果匹配，可以將比對結(jié)果導(dǎo)入modeller進(jìn)行模擬。 |
2樓2014-07-26 19:37:48
justik
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3樓2014-07-26 21:35:43
earth
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4樓2014-07-26 21:59:40
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