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分子動(dòng)力學(xué)開始瞬間，整個(gè)體系突然縮小 已有1人參與
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我將所研究的系統(tǒng)放在一個(gè)立方體水箱中，做了20000步優(yōu)化之后，從0K逐步升溫，每次升溫30K， 跑5000步，但是在優(yōu)化完成后開始跑分子動(dòng)力學(xué)的瞬間，整個(gè)水箱（包括里面的研究體系）突然縮小，從VMD的動(dòng)畫中可以明顯看出。 不知道這是否是正�，F(xiàn)象，如果不是，究竟是何原因?qū)е碌�，如何解決，不知道有沒有人遇到過類似的問題？ 謝謝大家！ |
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2樓2014-07-27 09:52:22
hookah
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3樓2014-07-27 09:53:18
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您好！感謝您的回復(fù)，我的conf文件如下： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # the whole complex in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ionized.psf coordinates ionized.pdb set temperature 300 set outputname whole_out firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid_na.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 14.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 16.0 # Integrator Parameters timestep 2 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 152.1 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 158.9 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 152.6 cellOrigin -52.6 -16.9 -29.8 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell yes useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 20000 for { set TEMP 0 } { $TEMP < 300 } { incr TEMP 30 } { reinitvels $TEMP langevinTemp $TEMP run 5000 } reinitvels $temperature langevinTemp 300 langevinPistonTemp 300 run 1000000 ;# 2ns |
4樓2014-07-27 12:08:34
hookah
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【答案】應(yīng)助回帖
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我愛問路(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-07-30 16:44:43
我愛問路(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-07-30 16:44:43
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哦，我只通過lammps和xmd，你的conf文件到是能看明白，一般我們做md，確定完lattice和結(jié)構(gòu)后，應(yīng)該先relax一下，就是minimum energy 一下，然后按照你的問題是做npt 或者nvt 等，出上述外，一般我會(huì)先在計(jì)算的初始溫度處做足夠長(zhǎng)時(shí)間的，一般是10ps左右的的npt or nvt，然后才開始進(jìn)行計(jì)算。當(dāng)然最重要的是先確定采用的相互作用勢(shì)是不是對(duì)的，就這些經(jīng)驗(yàn)吧，以后共同交流 [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
5樓2014-07-27 20:34:02
6樓2014-07-27 20:48:49
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