 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 869 | 回復(fù): 5 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[求助]
分子動力學(xué)開始瞬間，整個(gè)體系突然縮小 已有1人參與
|
|||
|
我將所研究的系統(tǒng)放在一個(gè)立方體水箱中，做了20000步優(yōu)化之后，從0K逐步升溫，每次升溫30K， 跑5000步，但是在優(yōu)化完成后開始跑分子動力學(xué)的瞬間，整個(gè)水箱（包括里面的研究體系）突然縮小，從VMD的動畫中可以明顯看出。 不知道這是否是正�，F(xiàn)象，如果不是，究竟是何原因?qū)е碌�，如何解決，不知道有沒有人遇到過類似的問題？ 謝謝大家！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
【求調(diào)劑】085601材料工程專碩 | 總分272 |
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
275求調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
0856，材料與化工321分求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085701環(huán)境工程，267求調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
320分，材料與化工專業(yè)，求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
085701環(huán)境工程求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
295材料工程專碩求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
265求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
322求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085602 307分 求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
|
您好！感謝您的回復(fù)，我的conf文件如下： ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # Minimization and Equilibration of # the whole complex in a Water Box ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ionized.psf coordinates ionized.pdb set temperature 300 set outputname whole_out firsttimestep 0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm on parameters par_all27_prot_lipid_na.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 14.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 16.0 # Integrator Parameters timestep 2 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 # Constant Temperature Control langevin on ;# do langevin dynamics langevinDamping 1 ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 152.1 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 158.9 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 152.6 cellOrigin -52.6 -16.9 -29.8 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition #PMEGridSizeX 45 #PMEGridSizeY 45 #PMEGridSizeZ 48 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell yes useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 100.0 langevinPistonDecay 50.0 langevinPistonTemp $temperature # Output outputName $outputname restartfreq 500 ;# 500steps = every 1ps dcdfreq 250 xstFreq 250 outputEnergies 100 outputPressure 100 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 20000 for { set TEMP 0 } { $TEMP < 300 } { incr TEMP 30 } { reinitvels $TEMP langevinTemp $TEMP run 5000 } reinitvels $temperature langevinTemp 300 langevinPistonTemp 300 run 1000000 ;# 2ns |
4樓2014-07-27 12:08:34
hookah
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 32 (小學(xué)生)
- 金幣: 2082.7
- 紅花: 7
- 帖子: 884
- 在線: 136小時(shí)
- 蟲號: 60015
- 注冊: 2005-03-04
- 專業(yè): 物理學(xué)II
2樓2014-07-27 09:52:22
hookah
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 32 (小學(xué)生)
- 金幣: 2082.7
- 紅花: 7
- 帖子: 884
- 在線: 136小時(shí)
- 蟲號: 60015
- 注冊: 2005-03-04
- 專業(yè): 物理學(xué)II
3樓2014-07-27 09:53:18
hookah
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 32 (小學(xué)生)
- 金幣: 2082.7
- 紅花: 7
- 帖子: 884
- 在線: 136小時(shí)
- 蟲號: 60015
- 注冊: 2005-03-04
- 專業(yè): 物理學(xué)II
【答案】應(yīng)助回帖
★
我愛問路(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:44:43
我愛問路(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:44:43
|
哦，我只通過lammps和xmd，你的conf文件到是能看明白，一般我們做md，確定完lattice和結(jié)構(gòu)后，應(yīng)該先relax一下，就是minimum energy 一下，然后按照你的問題是做npt 或者nvt 等，出上述外，一般我會先在計(jì)算的初始溫度處做足夠長時(shí)間的，一般是10ps左右的的npt or nvt，然后才開始進(jìn)行計(jì)算。當(dāng)然最重要的是先確定采用的相互作用勢是不是對的，就這些經(jīng)驗(yàn)吧，以后共同交流 [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
5樓2014-07-27 20:34:02
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 083000學(xué)碩274求調(diào)劑 +4 | Li李魚 2026-03-26 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | Sanmu-124 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分 求調(diào)劑 +9 | vv迷 2026-03-22 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工 264分各科過A區(qū)國家線 +10 | 哈哈157349 2026-03-21 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +4 | 星野? 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +10 | 呼呼？~+123456 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | hanamiko 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +4 | 贈我一本書 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑總分293英一數(shù)二 +4 | 鋼鐵大炮 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿河工大 081700 276求調(diào)劑 +4 | 地球繞著太陽轉(zhuǎn) 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿哈工大，085400，320，求調(diào)劑 +4 | gdlf9999 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +4 | 汪�。�！ 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +5 | 話梅糖111 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求導(dǎo)師收 +7 | 天天好運(yùn)來上岸?/a> 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +3 | HanBeiNingZC 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +3 | desto 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-23 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 280分求調(diào)劑 一志愿085802 +4 | PUMPT 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南大，0703化學(xué)，分?jǐn)?shù)336，求調(diào)劑 +3 | 收到VS 2026-03-21 | 3/150 |
|